This script takes a file generated by gl.fixed.diff and amalgamates populations with distance less than or equal to a specified threshold. The distance matrix is generated by gl.fixed.diff().

The script then applies the new population assignments to the genlight object and recalculates the distance and associated matrices.

gl.collapse(fd, tpop = 0, tloc = 0, pb = FALSE, verbose = NULL)

Arguments

fd

Name of the list of matrices produced by gl.fixed.diff() [required].

tpop

Threshold number of fixed differences above which populations will not be amalgamated [default 0].

tloc

Threshold defining a fixed difference (e.g. 0.05 implies 95:5 vs 5:95 is fixed) [default 0].

pb

If TRUE, show a progress bar on time consuming loops [default FALSE].

verbose

Verbosity: 0, silent or fatal errors; 1, begin and end; 2, progress log; 3, progress and results summary; 5, full report [default 2 or as specified using gl.set.verbosity]

Value

A list containing the gl object x and the following square matrices:

  1. $gl – the new genlight object with populations collapsed;

  2. $fd – raw fixed differences;

  3. $pcfd – percent fixed differences;

  4. $nobs – mean no. of individuals used in each comparison;

  5. $nloc – total number of loci used in each comparison;

  6. $expfpos – NA's, populated by gl.fixed.diff [by simulation]

  7. $expfpos – NA's, populated by gl.fixed.diff [by simulation]

  8. $prob – NA's, populated by gl.fixed.diff [by simulation]

Author

Custodian: Arthur Georges – Post to https://groups.google.com/d/forum/dartr

Examples

 # \donttest{
fd <- gl.fixed.diff(testset.gl,tloc=0.05)
#> Starting gl.fixed.diff 
#>   Processing genlight object with SNP data
#>   Comparing populations for fixed differences with tolerance 0.05 
#>   Warning: Monomorphic loci retained, used in calculations
#>   Comparing populations pairwise -- this may take time. Please be patient
#> Completed: gl.fixed.diff 
#> 
fd
#> $gl
#>  /// GENLIGHT OBJECT /////////
#> 
#>  // 250 genotypes,  255 binary SNPs, size: 752 Kb
#>  7868 (12.34 %) missing data
#> 
#>  // Basic content
#>    @gen: list of 250 SNPbin
#>    @ploidy: ploidy of each individual  (range: 2-2)
#> 
#>  // Optional content
#>    @ind.names:  250 individual labels
#>    @loc.names:  255 locus labels
#>    @loc.all:  255 alleles
#>    @position: integer storing positions of the SNPs
#>    @pop: population of each individual (group size range: 1-11)
#>    @other: a list containing: loc.metrics  latlong  ind.metrics  history  loc.metrics.flags 
#> 
#> 
#> $fd
#>                  EmmacBrisWive EmmacBurdMist EmmacBurnBara EmmacClarJack
#> EmmacBurdMist                1                                          
#> EmmacBurnBara                0             0                            
#> EmmacClarJack                0             1             0              
#> EmmacClarYate                1             1             0             0
#> EmmacCoopAvin                5             4             2             3
#> EmmacCoopCully               5             4             2             3
#> EmmacCoopEulb                5             4             2             3
#> EmmacFitzAllig               1             0             0             1
#> EmmacJohnWari                1             0             0             1
#> EmmacMaclGeor                1             0             0             0
#> EmmacMaryBoru                0             0             0             1
#> EmmacMaryPetr                0             0             0             0
#> EmmacMDBBowm                 1             1             0             0
#> EmmacMDBCond                 1             1             0             0
#> EmmacMDBCudg                 1             1             0             0
#> EmmacMDBForb                 1             2             0             0
#> EmmacMDBGwyd                 1             1             0             0
#> EmmacMDBMaci                 0             0             0             1
#> EmmacMDBMurrMung             1             2             0             1
#> EmmacMDBSanf                 1             2             0             2
#> EmmacNormJack                1             1             0             2
#> EmmacNormLeic                2             2             1             2
#> EmmacNormSalt                1             0             0             1
#> EmmacRichCasi                0             0             0             0
#> EmmacRoss                    1             0             0             1
#> EmmacRussEube                4             1             2             2
#> EmmacTweeUki                 0             0             0             0
#> EmsubRopeMata               15            12            12            12
#> EmvicVictJasp               23            19            20            20
#>                  EmmacClarYate EmmacCoopAvin EmmacCoopCully EmmacCoopEulb
#> EmmacBurdMist                                                            
#> EmmacBurnBara                                                            
#> EmmacClarJack                                                            
#> EmmacClarYate                                                            
#> EmmacCoopAvin                3                                           
#> EmmacCoopCully               3             0                             
#> EmmacCoopEulb                3             0              0              
#> EmmacFitzAllig               1             4              4             4
#> EmmacJohnWari                1             4              4             4
#> EmmacMaclGeor                0             3              3             3
#> EmmacMaryBoru                1             4              4             4
#> EmmacMaryPetr                0             2              2             2
#> EmmacMDBBowm                 0             3              3             3
#> EmmacMDBCond                 0             3              3             3
#> EmmacMDBCudg                 0             3              3             3
#> EmmacMDBForb                 0             3              3             3
#> EmmacMDBGwyd                 0             3              3             3
#> EmmacMDBMaci                 0             3              3             3
#> EmmacMDBMurrMung             1             4              4             4
#> EmmacMDBSanf                 1             4              4             4
#> EmmacNormJack                2             5              5             5
#> EmmacNormLeic                2             6              6             6
#> EmmacNormSalt                1             4              4             4
#> EmmacRichCasi                0             3              3             3
#> EmmacRoss                    1             4              4             4
#> EmmacRussEube                1             4              3             3
#> EmmacTweeUki                 0             3              3             3
#> EmsubRopeMata               11            12             13            13
#> EmvicVictJasp               19            20             21            21
#>                  EmmacFitzAllig EmmacJohnWari EmmacMaclGeor EmmacMaryBoru
#> EmmacBurdMist                                                            
#> EmmacBurnBara                                                            
#> EmmacClarJack                                                            
#> EmmacClarYate                                                            
#> EmmacCoopAvin                                                            
#> EmmacCoopCully                                                           
#> EmmacCoopEulb                                                            
#> EmmacFitzAllig                                                           
#> EmmacJohnWari                 0                                          
#> EmmacMaclGeor                 0             0                            
#> EmmacMaryBoru                 0             0             0              
#> EmmacMaryPetr                 0             0             0             0
#> EmmacMDBBowm                  0             1             0             0
#> EmmacMDBCond                  0             1             0             0
#> EmmacMDBCudg                  0             1             0             0
#> EmmacMDBForb                  1             2             0             1
#> EmmacMDBGwyd                  0             1             0             0
#> EmmacMDBMaci                  0             0             0             0
#> EmmacMDBMurrMung              0             1             1             0
#> EmmacMDBSanf                  0             1             1             0
#> EmmacNormJack                 0             0             1             0
#> EmmacNormLeic                 1             1             1             1
#> EmmacNormSalt                 0             0             0             0
#> EmmacRichCasi                 0             0             0             0
#> EmmacRoss                     0             0             0             0
#> EmmacRussEube                 3             0             1             2
#> EmmacTweeUki                  0             0             0             0
#> EmsubRopeMata                13            12            13            12
#> EmvicVictJasp                21            20            21            19
#>                  EmmacMaryPetr EmmacMDBBowm EmmacMDBCond EmmacMDBCudg
#> EmmacBurdMist                                                        
#> EmmacBurnBara                                                        
#> EmmacClarJack                                                        
#> EmmacClarYate                                                        
#> EmmacCoopAvin                                                        
#> EmmacCoopCully                                                       
#> EmmacCoopEulb                                                        
#> EmmacFitzAllig                                                       
#> EmmacJohnWari                                                        
#> EmmacMaclGeor                                                        
#> EmmacMaryBoru                                                        
#> EmmacMaryPetr                                                        
#> EmmacMDBBowm                 0                                       
#> EmmacMDBCond                 0            0                          
#> EmmacMDBCudg                 0            0            0             
#> EmmacMDBForb                 0            0            0            0
#> EmmacMDBGwyd                 0            0            0            0
#> EmmacMDBMaci                 0            0            0            0
#> EmmacMDBMurrMung             0            0            0            0
#> EmmacMDBSanf                 0            0            0            0
#> EmmacNormJack                0            0            0            0
#> EmmacNormLeic                1            0            1            1
#> EmmacNormSalt                0            0            0            0
#> EmmacRichCasi                0            1            1            1
#> EmmacRoss                    0            1            1            1
#> EmmacRussEube                3            4            4            3
#> EmmacTweeUki                 0            1            1            1
#> EmsubRopeMata               13           14           15           14
#> EmvicVictJasp               21           22           23           22
#>                  EmmacMDBForb EmmacMDBGwyd EmmacMDBMaci EmmacMDBMurrMung
#> EmmacBurdMist                                                           
#> EmmacBurnBara                                                           
#> EmmacClarJack                                                           
#> EmmacClarYate                                                           
#> EmmacCoopAvin                                                           
#> EmmacCoopCully                                                          
#> EmmacCoopEulb                                                           
#> EmmacFitzAllig                                                          
#> EmmacJohnWari                                                           
#> EmmacMaclGeor                                                           
#> EmmacMaryBoru                                                           
#> EmmacMaryPetr                                                           
#> EmmacMDBBowm                                                            
#> EmmacMDBCond                                                            
#> EmmacMDBCudg                                                            
#> EmmacMDBForb                                                            
#> EmmacMDBGwyd                0                                           
#> EmmacMDBMaci                0            0                              
#> EmmacMDBMurrMung            0            0            0                 
#> EmmacMDBSanf                0            0            0                0
#> EmmacNormJack               1            0            0                0
#> EmmacNormLeic               2            1            1                1
#> EmmacNormSalt               1            0            0                0
#> EmmacRichCasi               1            1            0                1
#> EmmacRoss                   2            1            0                1
#> EmmacRussEube               5            4            3                4
#> EmmacTweeUki                1            1            0                1
#> EmsubRopeMata              14           15           14               16
#> EmvicVictJasp              22           23           22               24
#>                  EmmacMDBSanf EmmacNormJack EmmacNormLeic EmmacNormSalt
#> EmmacBurdMist                                                          
#> EmmacBurnBara                                                          
#> EmmacClarJack                                                          
#> EmmacClarYate                                                          
#> EmmacCoopAvin                                                          
#> EmmacCoopCully                                                         
#> EmmacCoopEulb                                                          
#> EmmacFitzAllig                                                         
#> EmmacJohnWari                                                          
#> EmmacMaclGeor                                                          
#> EmmacMaryBoru                                                          
#> EmmacMaryPetr                                                          
#> EmmacMDBBowm                                                           
#> EmmacMDBCond                                                           
#> EmmacMDBCudg                                                           
#> EmmacMDBForb                                                           
#> EmmacMDBGwyd                                                           
#> EmmacMDBMaci                                                           
#> EmmacMDBMurrMung                                                       
#> EmmacMDBSanf                                                           
#> EmmacNormJack               0                                          
#> EmmacNormLeic               1             0                            
#> EmmacNormSalt               0             0             0              
#> EmmacRichCasi               1             0             0             0
#> EmmacRoss                   1             0             1             0
#> EmmacRussEube               4             0             0             0
#> EmmacTweeUki                1             0             0             0
#> EmsubRopeMata              16            12            11             9
#> EmvicVictJasp              24            20            19            17
#>                  EmmacRichCasi EmmacRoss EmmacRussEube EmmacTweeUki
#> EmmacBurdMist                                                      
#> EmmacBurnBara                                                      
#> EmmacClarJack                                                      
#> EmmacClarYate                                                      
#> EmmacCoopAvin                                                      
#> EmmacCoopCully                                                     
#> EmmacCoopEulb                                                      
#> EmmacFitzAllig                                                     
#> EmmacJohnWari                                                      
#> EmmacMaclGeor                                                      
#> EmmacMaryBoru                                                      
#> EmmacMaryPetr                                                      
#> EmmacMDBBowm                                                       
#> EmmacMDBCond                                                       
#> EmmacMDBCudg                                                       
#> EmmacMDBForb                                                       
#> EmmacMDBGwyd                                                       
#> EmmacMDBMaci                                                       
#> EmmacMDBMurrMung                                                   
#> EmmacMDBSanf                                                       
#> EmmacNormJack                                                      
#> EmmacNormLeic                                                      
#> EmmacNormSalt                                                      
#> EmmacRichCasi                                                      
#> EmmacRoss                    0                                     
#> EmmacRussEube                1         1                           
#> EmmacTweeUki                 0         0             2             
#> EmsubRopeMata               13        11             9           13
#> EmvicVictJasp               21        19            16           20
#>                  EmsubRopeMata
#> EmmacBurdMist                 
#> EmmacBurnBara                 
#> EmmacClarJack                 
#> EmmacClarYate                 
#> EmmacCoopAvin                 
#> EmmacCoopCully                
#> EmmacCoopEulb                 
#> EmmacFitzAllig                
#> EmmacJohnWari                 
#> EmmacMaclGeor                 
#> EmmacMaryBoru                 
#> EmmacMaryPetr                 
#> EmmacMDBBowm                  
#> EmmacMDBCond                  
#> EmmacMDBCudg                  
#> EmmacMDBForb                  
#> EmmacMDBGwyd                  
#> EmmacMDBMaci                  
#> EmmacMDBMurrMung              
#> EmmacMDBSanf                  
#> EmmacNormJack                 
#> EmmacNormLeic                 
#> EmmacNormSalt                 
#> EmmacRichCasi                 
#> EmmacRoss                     
#> EmmacRussEube                 
#> EmmacTweeUki                  
#> EmsubRopeMata                 
#> EmvicVictJasp               13
#> 
#> $pcfd
#>                  EmmacBrisWive EmmacBurdMist EmmacBurnBara EmmacClarJack
#> EmmacBurdMist                0                                          
#> EmmacBurnBara                0             0                            
#> EmmacClarJack                0             0             0              
#> EmmacClarYate                0             0             0             0
#> EmmacCoopAvin                2             2             1             1
#> EmmacCoopCully               2             2             1             1
#> EmmacCoopEulb                2             2             1             1
#> EmmacFitzAllig               0             0             0             0
#> EmmacJohnWari                0             0             0             0
#> EmmacMaclGeor                0             0             0             0
#> EmmacMaryBoru                0             0             0             0
#> EmmacMaryPetr                0             0             0             0
#> EmmacMDBBowm                 0             0             0             0
#> EmmacMDBCond                 0             0             0             0
#> EmmacMDBCudg                 0             0             0             0
#> EmmacMDBForb                 0             1             0             0
#> EmmacMDBGwyd                 0             0             0             0
#> EmmacMDBMaci                 0             0             0             0
#> EmmacMDBMurrMung             0             1             0             0
#> EmmacMDBSanf                 0             1             0             1
#> EmmacNormJack                0             0             0             1
#> EmmacNormLeic                1             1             0             1
#> EmmacNormSalt                0             0             0             0
#> EmmacRichCasi                0             0             0             0
#> EmmacRoss                    0             0             0             0
#> EmmacRussEube                2             0             1             1
#> EmmacTweeUki                 0             0             0             0
#> EmsubRopeMata                7             6             5             6
#> EmvicVictJasp               11             9             9            10
#>                  EmmacClarYate EmmacCoopAvin EmmacCoopCully EmmacCoopEulb
#> EmmacBurdMist                                                            
#> EmmacBurnBara                                                            
#> EmmacClarJack                                                            
#> EmmacClarYate                                                            
#> EmmacCoopAvin                1                                           
#> EmmacCoopCully               1             0                             
#> EmmacCoopEulb                1             0              0              
#> EmmacFitzAllig               0             2              2             2
#> EmmacJohnWari                0             2              2             2
#> EmmacMaclGeor                0             1              1             1
#> EmmacMaryBoru                0             2              2             2
#> EmmacMaryPetr                0             1              1             1
#> EmmacMDBBowm                 0             1              1             1
#> EmmacMDBCond                 0             1              1             1
#> EmmacMDBCudg                 0             1              1             1
#> EmmacMDBForb                 0             1              1             1
#> EmmacMDBGwyd                 0             1              1             1
#> EmmacMDBMaci                 0             1              1             1
#> EmmacMDBMurrMung             0             2              2             2
#> EmmacMDBSanf                 0             2              2             2
#> EmmacNormJack                1             2              2             2
#> EmmacNormLeic                1             3              3             3
#> EmmacNormSalt                0             2              2             2
#> EmmacRichCasi                0             1              1             1
#> EmmacRoss                    0             2              2             2
#> EmmacRussEube                0             2              1             1
#> EmmacTweeUki                 0             1              1             1
#> EmsubRopeMata                5             6              6             6
#> EmvicVictJasp                9            10             10            10
#>                  EmmacFitzAllig EmmacJohnWari EmmacMaclGeor EmmacMaryBoru
#> EmmacBurdMist                                                            
#> EmmacBurnBara                                                            
#> EmmacClarJack                                                            
#> EmmacClarYate                                                            
#> EmmacCoopAvin                                                            
#> EmmacCoopCully                                                           
#> EmmacCoopEulb                                                            
#> EmmacFitzAllig                                                           
#> EmmacJohnWari                 0                                          
#> EmmacMaclGeor                 0             0                            
#> EmmacMaryBoru                 0             0             0              
#> EmmacMaryPetr                 0             0             0             0
#> EmmacMDBBowm                  0             0             0             0
#> EmmacMDBCond                  0             0             0             0
#> EmmacMDBCudg                  0             0             0             0
#> EmmacMDBForb                  0             1             0             0
#> EmmacMDBGwyd                  0             0             0             0
#> EmmacMDBMaci                  0             0             0             0
#> EmmacMDBMurrMung              0             0             0             0
#> EmmacMDBSanf                  0             0             0             0
#> EmmacNormJack                 0             0             0             0
#> EmmacNormLeic                 0             0             0             0
#> EmmacNormSalt                 0             0             0             0
#> EmmacRichCasi                 0             0             0             0
#> EmmacRoss                     0             0             0             0
#> EmmacRussEube                 1             0             0             1
#> EmmacTweeUki                  0             0             0             0
#> EmsubRopeMata                 6             6             6             6
#> EmvicVictJasp                10             9            10             9
#>                  EmmacMaryPetr EmmacMDBBowm EmmacMDBCond EmmacMDBCudg
#> EmmacBurdMist                                                        
#> EmmacBurnBara                                                        
#> EmmacClarJack                                                        
#> EmmacClarYate                                                        
#> EmmacCoopAvin                                                        
#> EmmacCoopCully                                                       
#> EmmacCoopEulb                                                        
#> EmmacFitzAllig                                                       
#> EmmacJohnWari                                                        
#> EmmacMaclGeor                                                        
#> EmmacMaryBoru                                                        
#> EmmacMaryPetr                                                        
#> EmmacMDBBowm                 0                                       
#> EmmacMDBCond                 0            0                          
#> EmmacMDBCudg                 0            0            0             
#> EmmacMDBForb                 0            0            0            0
#> EmmacMDBGwyd                 0            0            0            0
#> EmmacMDBMaci                 0            0            0            0
#> EmmacMDBMurrMung             0            0            0            0
#> EmmacMDBSanf                 0            0            0            0
#> EmmacNormJack                0            0            0            0
#> EmmacNormLeic                0            0            0            0
#> EmmacNormSalt                0            0            0            0
#> EmmacRichCasi                0            0            0            0
#> EmmacRoss                    0            0            0            0
#> EmmacRussEube                1            2            2            1
#> EmmacTweeUki                 0            0            0            0
#> EmsubRopeMata                6            6            7            6
#> EmvicVictJasp               10           10           11           10
#>                  EmmacMDBForb EmmacMDBGwyd EmmacMDBMaci EmmacMDBMurrMung
#> EmmacBurdMist                                                           
#> EmmacBurnBara                                                           
#> EmmacClarJack                                                           
#> EmmacClarYate                                                           
#> EmmacCoopAvin                                                           
#> EmmacCoopCully                                                          
#> EmmacCoopEulb                                                           
#> EmmacFitzAllig                                                          
#> EmmacJohnWari                                                           
#> EmmacMaclGeor                                                           
#> EmmacMaryBoru                                                           
#> EmmacMaryPetr                                                           
#> EmmacMDBBowm                                                            
#> EmmacMDBCond                                                            
#> EmmacMDBCudg                                                            
#> EmmacMDBForb                                                            
#> EmmacMDBGwyd                0                                           
#> EmmacMDBMaci                0            0                              
#> EmmacMDBMurrMung            0            0            0                 
#> EmmacMDBSanf                0            0            0                0
#> EmmacNormJack               0            0            0                0
#> EmmacNormLeic               1            0            0                0
#> EmmacNormSalt               0            0            0                0
#> EmmacRichCasi               0            0            0                0
#> EmmacRoss                   1            0            0                0
#> EmmacRussEube               2            2            1                2
#> EmmacTweeUki                0            0            0                0
#> EmsubRopeMata               6            7            6                7
#> EmvicVictJasp              10           11           10               11
#>                  EmmacMDBSanf EmmacNormJack EmmacNormLeic EmmacNormSalt
#> EmmacBurdMist                                                          
#> EmmacBurnBara                                                          
#> EmmacClarJack                                                          
#> EmmacClarYate                                                          
#> EmmacCoopAvin                                                          
#> EmmacCoopCully                                                         
#> EmmacCoopEulb                                                          
#> EmmacFitzAllig                                                         
#> EmmacJohnWari                                                          
#> EmmacMaclGeor                                                          
#> EmmacMaryBoru                                                          
#> EmmacMaryPetr                                                          
#> EmmacMDBBowm                                                           
#> EmmacMDBCond                                                           
#> EmmacMDBCudg                                                           
#> EmmacMDBForb                                                           
#> EmmacMDBGwyd                                                           
#> EmmacMDBMaci                                                           
#> EmmacMDBMurrMung                                                       
#> EmmacMDBSanf                                                           
#> EmmacNormJack               0                                          
#> EmmacNormLeic               0             0                            
#> EmmacNormSalt               0             0             0              
#> EmmacRichCasi               0             0             0             0
#> EmmacRoss                   0             0             0             0
#> EmmacRussEube               2             0             0             0
#> EmmacTweeUki                0             0             0             0
#> EmsubRopeMata               7             6             5             4
#> EmvicVictJasp              11             9             9             9
#>                  EmmacRichCasi EmmacRoss EmmacRussEube EmmacTweeUki
#> EmmacBurdMist                                                      
#> EmmacBurnBara                                                      
#> EmmacClarJack                                                      
#> EmmacClarYate                                                      
#> EmmacCoopAvin                                                      
#> EmmacCoopCully                                                     
#> EmmacCoopEulb                                                      
#> EmmacFitzAllig                                                     
#> EmmacJohnWari                                                      
#> EmmacMaclGeor                                                      
#> EmmacMaryBoru                                                      
#> EmmacMaryPetr                                                      
#> EmmacMDBBowm                                                       
#> EmmacMDBCond                                                       
#> EmmacMDBCudg                                                       
#> EmmacMDBForb                                                       
#> EmmacMDBGwyd                                                       
#> EmmacMDBMaci                                                       
#> EmmacMDBMurrMung                                                   
#> EmmacMDBSanf                                                       
#> EmmacNormJack                                                      
#> EmmacNormLeic                                                      
#> EmmacNormSalt                                                      
#> EmmacRichCasi                                                      
#> EmmacRoss                    0                                     
#> EmmacRussEube                0         0                           
#> EmmacTweeUki                 0         0             1             
#> EmsubRopeMata                6         5             4            6
#> EmvicVictJasp               10         9             7            9
#>                  EmsubRopeMata
#> EmmacBurdMist                 
#> EmmacBurnBara                 
#> EmmacClarJack                 
#> EmmacClarYate                 
#> EmmacCoopAvin                 
#> EmmacCoopCully                
#> EmmacCoopEulb                 
#> EmmacFitzAllig                
#> EmmacJohnWari                 
#> EmmacMaclGeor                 
#> EmmacMaryBoru                 
#> EmmacMaryPetr                 
#> EmmacMDBBowm                  
#> EmmacMDBCond                  
#> EmmacMDBCudg                  
#> EmmacMDBForb                  
#> EmmacMDBGwyd                  
#> EmmacMDBMaci                  
#> EmmacMDBMurrMung              
#> EmmacMDBSanf                  
#> EmmacNormJack                 
#> EmmacNormLeic                 
#> EmmacNormSalt                 
#> EmmacRichCasi                 
#> EmmacRoss                     
#> EmmacRussEube                 
#> EmmacTweeUki                  
#> EmsubRopeMata                 
#> EmvicVictJasp                6
#> 
#> $nobs
#>                  EmmacBrisWive EmmacBurdMist EmmacBurnBara EmmacClarJack
#> EmmacBrisWive               NA          18.5          19.2          13.8
#> EmmacBurdMist             18.5            NA          19.5          14.1
#> EmmacBurnBara             19.2          19.5            NA          14.8
#> EmmacClarJack             13.8          14.1          14.8            NA
#> EmmacClarYate             13.7          14.1          14.8           9.4
#> EmmacCoopAvin             17.8          18.1          18.8          13.4
#> EmmacCoopCully            18.8          19.1          19.8          14.4
#> EmmacCoopEulb             18.4          18.8          19.4          14.0
#> EmmacFitzAllig            18.4          18.7          19.4          14.0
#> EmmacJohnWari             18.7          19.0          19.7          14.3
#> EmmacMaclGeor             19.3          19.7          20.4          15.0
#> EmmacMaryBoru             14.7          15.0          15.7          10.3
#> EmmacMaryPetr             12.9          13.2          13.9           8.5
#> EmmacMDBBowm              18.3          18.6          19.3          13.9
#> EmmacMDBCond              18.3          18.7          19.3          13.9
#> EmmacMDBCudg              18.4          18.8          19.4          14.0
#> EmmacMDBForb              19.2          19.5          20.2          14.8
#> EmmacMDBGwyd              17.6          17.9          18.6          13.2
#> EmmacMDBMaci              18.2          18.5          19.2          13.8
#> EmmacMDBMurrMung          18.5          18.8          19.5          14.1
#> EmmacMDBSanf              18.3          18.7          19.3          13.9
#> EmmacNormJack             14.7          15.0          15.7          10.3
#> EmmacNormLeic             10.1          10.4          11.1           5.7
#> EmmacNormSalt             10.1          10.4          11.1           5.7
#> EmmacRichCasi             18.1          18.5          19.1          13.7
#> EmmacRoss                 18.4          18.8          19.4          14.0
#> EmmacRussEube             17.8          18.2          18.9          13.5
#> EmmacTweeUki              18.2          18.5          19.2          13.8
#> EmsubRopeMata             13.8          14.1          14.8           9.4
#> EmvicVictJasp             13.8          14.2          14.8           9.4
#>                  EmmacClarYate EmmacCoopAvin EmmacCoopCully EmmacCoopEulb
#> EmmacBrisWive             13.7          17.8           18.8          18.4
#> EmmacBurdMist             14.1          18.1           19.1          18.8
#> EmmacBurnBara             14.8          18.8           19.8          19.4
#> EmmacClarJack              9.4          13.4           14.4          14.0
#> EmmacClarYate               NA          13.4           14.3          14.0
#> EmmacCoopAvin             13.4            NA           18.4          18.0
#> EmmacCoopCully            14.3          18.4             NA          19.0
#> EmmacCoopEulb             14.0          18.0           19.0            NA
#> EmmacFitzAllig            13.9          18.0           19.0          18.6
#> EmmacJohnWari             14.2          18.3           19.3          18.9
#> EmmacMaclGeor             14.9          19.0           19.9          19.6
#> EmmacMaryBoru             10.2          14.3           15.3          14.9
#> EmmacMaryPetr              8.4          12.5           13.5          13.1
#> EmmacMDBBowm              13.8          17.9           18.9          18.5
#> EmmacMDBCond              13.9          17.9           18.9          18.5
#> EmmacMDBCudg              14.0          18.0           19.0          18.6
#> EmmacMDBForb              14.7          18.8           19.8          19.4
#> EmmacMDBGwyd              13.2          17.2           18.2          17.8
#> EmmacMDBMaci              13.8          17.8           18.8          18.4
#> EmmacMDBMurrMung          14.0          18.1           19.1          18.7
#> EmmacMDBSanf              13.9          17.9           18.9          18.6
#> EmmacNormJack             10.2          14.3           15.3          14.9
#> EmmacNormLeic              5.7           9.7           10.7          10.3
#> EmmacNormSalt              5.7           9.7           10.7          10.3
#> EmmacRichCasi             13.7          17.7           18.7          18.4
#> EmmacRoss                 14.0          18.0           19.0          18.7
#> EmmacRussEube             13.4          17.5           18.4          18.1
#> EmmacTweeUki              13.8          17.8           18.8          18.4
#> EmsubRopeMata              9.3          13.4           14.4          14.0
#> EmvicVictJasp              9.4          13.4           14.4          14.1
#>                  EmmacFitzAllig EmmacJohnWari EmmacMaclGeor EmmacMaryBoru
#> EmmacBrisWive              18.4          18.7          19.3          14.7
#> EmmacBurdMist              18.7          19.0          19.7          15.0
#> EmmacBurnBara              19.4          19.7          20.4          15.7
#> EmmacClarJack              14.0          14.3          15.0          10.3
#> EmmacClarYate              13.9          14.2          14.9          10.2
#> EmmacCoopAvin              18.0          18.3          19.0          14.3
#> EmmacCoopCully             19.0          19.3          19.9          15.3
#> EmmacCoopEulb              18.6          18.9          19.6          14.9
#> EmmacFitzAllig               NA          18.8          19.5          14.8
#> EmmacJohnWari              18.8            NA          19.8          15.1
#> EmmacMaclGeor              19.5          19.8            NA          15.8
#> EmmacMaryBoru              14.8          15.1          15.8            NA
#> EmmacMaryPetr              13.0          13.3          14.0           9.3
#> EmmacMDBBowm               18.4          18.8          19.4          14.8
#> EmmacMDBCond               18.5          18.8          19.5          14.8
#> EmmacMDBCudg               18.6          18.9          19.6          14.9
#> EmmacMDBForb               19.3          19.6          20.3          15.6
#> EmmacMDBGwyd               17.8          18.1          18.8          14.1
#> EmmacMDBMaci               18.4          18.7          19.3          14.7
#> EmmacMDBMurrMung           18.6          18.9          19.6          14.9
#> EmmacMDBSanf               18.5          18.8          19.5          14.8
#> EmmacNormJack              14.8          15.2          15.8          11.2
#> EmmacNormLeic              10.3          10.6          11.2           6.6
#> EmmacNormSalt              10.3          10.6          11.2           6.6
#> EmmacRichCasi              18.3          18.6          19.3          14.6
#> EmmacRoss                  18.6          18.9          19.6          14.9
#> EmmacRussEube              18.0          18.3          19.0          14.3
#> EmmacTweeUki               18.4          18.7          19.3          14.7
#> EmsubRopeMata              13.9          14.2          14.9          10.2
#> EmvicVictJasp              14.0          14.3          15.0          10.3
#>                  EmmacMaryPetr EmmacMDBBowm EmmacMDBCond EmmacMDBCudg
#> EmmacBrisWive             12.9         18.3         18.3         18.4
#> EmmacBurdMist             13.2         18.6         18.7         18.8
#> EmmacBurnBara             13.9         19.3         19.3         19.4
#> EmmacClarJack              8.5         13.9         13.9         14.0
#> EmmacClarYate              8.4         13.8         13.9         14.0
#> EmmacCoopAvin             12.5         17.9         17.9         18.0
#> EmmacCoopCully            13.5         18.9         18.9         19.0
#> EmmacCoopEulb             13.1         18.5         18.5         18.6
#> EmmacFitzAllig            13.0         18.4         18.5         18.6
#> EmmacJohnWari             13.3         18.8         18.8         18.9
#> EmmacMaclGeor             14.0         19.4         19.5         19.6
#> EmmacMaryBoru              9.3         14.8         14.8         14.9
#> EmmacMaryPetr               NA         12.9         13.0         13.1
#> EmmacMDBBowm              12.9           NA         18.4         18.5
#> EmmacMDBCond              13.0         18.4           NA         18.5
#> EmmacMDBCudg              13.1         18.5         18.5           NA
#> EmmacMDBForb              13.8         19.3         19.3         19.4
#> EmmacMDBGwyd              12.3         17.7         17.7         17.8
#> EmmacMDBMaci              12.9         18.3         18.3         18.4
#> EmmacMDBMurrMung          13.1         18.6         18.6         18.7
#> EmmacMDBSanf              13.0         18.4         18.5         18.6
#> EmmacNormJack              9.3         14.8         14.8         14.9
#> EmmacNormLeic              4.8         10.2         10.2         10.3
#> EmmacNormSalt              4.8         10.2         10.2         10.3
#> EmmacRichCasi             12.8         18.2         18.3         18.4
#> EmmacRoss                 13.1         18.5         18.5         18.6
#> EmmacRussEube             12.5         17.9         18.0         18.1
#> EmmacTweeUki              12.9         18.3         18.3         18.4
#> EmsubRopeMata              8.4         13.9         13.9         14.0
#> EmvicVictJasp              8.5         13.9         14.0         14.1
#>                  EmmacMDBForb EmmacMDBGwyd EmmacMDBMaci EmmacMDBMurrMung
#> EmmacBrisWive            19.2         17.6         18.2             18.5
#> EmmacBurdMist            19.5         17.9         18.5             18.8
#> EmmacBurnBara            20.2         18.6         19.2             19.5
#> EmmacClarJack            14.8         13.2         13.8             14.1
#> EmmacClarYate            14.7         13.2         13.8             14.0
#> EmmacCoopAvin            18.8         17.2         17.8             18.1
#> EmmacCoopCully           19.8         18.2         18.8             19.1
#> EmmacCoopEulb            19.4         17.8         18.4             18.7
#> EmmacFitzAllig           19.3         17.8         18.4             18.6
#> EmmacJohnWari            19.6         18.1         18.7             18.9
#> EmmacMaclGeor            20.3         18.8         19.3             19.6
#> EmmacMaryBoru            15.6         14.1         14.7             14.9
#> EmmacMaryPetr            13.8         12.3         12.9             13.1
#> EmmacMDBBowm             19.3         17.7         18.3             18.6
#> EmmacMDBCond             19.3         17.7         18.3             18.6
#> EmmacMDBCudg             19.4         17.8         18.4             18.7
#> EmmacMDBForb               NA         18.6         19.2             19.4
#> EmmacMDBGwyd             18.6           NA         17.6             17.9
#> EmmacMDBMaci             19.2         17.6           NA             18.5
#> EmmacMDBMurrMung         19.4         17.9         18.5               NA
#> EmmacMDBSanf             19.3         17.8         18.3             18.6
#> EmmacNormJack            15.7         14.1         14.7             15.0
#> EmmacNormLeic            11.1          9.5         10.1             10.4
#> EmmacNormSalt            11.1          9.5         10.1             10.4
#> EmmacRichCasi            19.1         17.6         18.1             18.4
#> EmmacRoss                19.4         17.8         18.4             18.7
#> EmmacRussEube            18.8         17.3         17.8             18.1
#> EmmacTweeUki             19.2         17.6         18.2             18.5
#> EmsubRopeMata            14.7         13.2         13.8             14.0
#> EmvicVictJasp            14.8         13.3         13.8             14.1
#>                  EmmacMDBSanf EmmacNormJack EmmacNormLeic EmmacNormSalt
#> EmmacBrisWive            18.3          14.7          10.1          10.1
#> EmmacBurdMist            18.7          15.0          10.4          10.4
#> EmmacBurnBara            19.3          15.7          11.1          11.1
#> EmmacClarJack            13.9          10.3           5.7           5.7
#> EmmacClarYate            13.9          10.2           5.7           5.7
#> EmmacCoopAvin            17.9          14.3           9.7           9.7
#> EmmacCoopCully           18.9          15.3          10.7          10.7
#> EmmacCoopEulb            18.6          14.9          10.3          10.3
#> EmmacFitzAllig           18.5          14.8          10.3          10.3
#> EmmacJohnWari            18.8          15.2          10.6          10.6
#> EmmacMaclGeor            19.5          15.8          11.2          11.2
#> EmmacMaryBoru            14.8          11.2           6.6           6.6
#> EmmacMaryPetr            13.0           9.3           4.8           4.8
#> EmmacMDBBowm             18.4          14.8          10.2          10.2
#> EmmacMDBCond             18.5          14.8          10.2          10.2
#> EmmacMDBCudg             18.6          14.9          10.3          10.3
#> EmmacMDBForb             19.3          15.7          11.1          11.1
#> EmmacMDBGwyd             17.8          14.1           9.5           9.5
#> EmmacMDBMaci             18.3          14.7          10.1          10.1
#> EmmacMDBMurrMung         18.6          15.0          10.4          10.4
#> EmmacMDBSanf               NA          14.8          10.2          10.2
#> EmmacNormJack            14.8            NA           6.6           6.6
#> EmmacNormLeic            10.2           6.6            NA           2.0
#> EmmacNormSalt            10.2           6.6           2.0            NA
#> EmmacRichCasi            18.3          14.6          10.0          10.0
#> EmmacRoss                18.6          14.9          10.3          10.3
#> EmmacRussEube            18.0          14.3           9.7           9.7
#> EmmacTweeUki             18.3          14.7          10.1          10.1
#> EmsubRopeMata            13.9          10.3           5.7           5.7
#> EmvicVictJasp            14.0          10.3           5.7           5.7
#>                  EmmacRichCasi EmmacRoss EmmacRussEube EmmacTweeUki
#> EmmacBrisWive             18.1      18.4          17.8         18.2
#> EmmacBurdMist             18.5      18.8          18.2         18.5
#> EmmacBurnBara             19.1      19.4          18.9         19.2
#> EmmacClarJack             13.7      14.0          13.5         13.8
#> EmmacClarYate             13.7      14.0          13.4         13.8
#> EmmacCoopAvin             17.7      18.0          17.5         17.8
#> EmmacCoopCully            18.7      19.0          18.4         18.8
#> EmmacCoopEulb             18.4      18.7          18.1         18.4
#> EmmacFitzAllig            18.3      18.6          18.0         18.4
#> EmmacJohnWari             18.6      18.9          18.3         18.7
#> EmmacMaclGeor             19.3      19.6          19.0         19.3
#> EmmacMaryBoru             14.6      14.9          14.3         14.7
#> EmmacMaryPetr             12.8      13.1          12.5         12.9
#> EmmacMDBBowm              18.2      18.5          17.9         18.3
#> EmmacMDBCond              18.3      18.5          18.0         18.3
#> EmmacMDBCudg              18.4      18.6          18.1         18.4
#> EmmacMDBForb              19.1      19.4          18.8         19.2
#> EmmacMDBGwyd              17.6      17.8          17.3         17.6
#> EmmacMDBMaci              18.1      18.4          17.8         18.2
#> EmmacMDBMurrMung          18.4      18.7          18.1         18.5
#> EmmacMDBSanf              18.3      18.6          18.0         18.3
#> EmmacNormJack             14.6      14.9          14.3         14.7
#> EmmacNormLeic             10.0      10.3           9.7         10.1
#> EmmacNormSalt             10.0      10.3           9.7         10.1
#> EmmacRichCasi               NA      18.4          17.8         18.1
#> EmmacRoss                 18.4        NA          18.1         18.4
#> EmmacRussEube             17.8      18.1            NA         17.8
#> EmmacTweeUki              18.1      18.4          17.8           NA
#> EmsubRopeMata             13.7      14.0          13.4         13.8
#> EmvicVictJasp             13.8      14.1          13.5         13.8
#>                  EmsubRopeMata EmvicVictJasp
#> EmmacBrisWive             13.8          13.8
#> EmmacBurdMist             14.1          14.2
#> EmmacBurnBara             14.8          14.8
#> EmmacClarJack              9.4           9.4
#> EmmacClarYate              9.3           9.4
#> EmmacCoopAvin             13.4          13.4
#> EmmacCoopCully            14.4          14.4
#> EmmacCoopEulb             14.0          14.1
#> EmmacFitzAllig            13.9          14.0
#> EmmacJohnWari             14.2          14.3
#> EmmacMaclGeor             14.9          15.0
#> EmmacMaryBoru             10.2          10.3
#> EmmacMaryPetr              8.4           8.5
#> EmmacMDBBowm              13.9          13.9
#> EmmacMDBCond              13.9          14.0
#> EmmacMDBCudg              14.0          14.1
#> EmmacMDBForb              14.7          14.8
#> EmmacMDBGwyd              13.2          13.3
#> EmmacMDBMaci              13.8          13.8
#> EmmacMDBMurrMung          14.0          14.1
#> EmmacMDBSanf              13.9          14.0
#> EmmacNormJack             10.3          10.3
#> EmmacNormLeic              5.7           5.7
#> EmmacNormSalt              5.7           5.7
#> EmmacRichCasi             13.7          13.8
#> EmmacRoss                 14.0          14.1
#> EmmacRussEube             13.4          13.5
#> EmmacTweeUki              13.8          13.8
#> EmsubRopeMata               NA           9.4
#> EmvicVictJasp              9.4            NA
#> 
#> $nloc
#>                  EmmacBrisWive EmmacBurdMist EmmacBurnBara EmmacClarJack
#> EmmacBrisWive               NA           236           243           231
#> EmmacBurdMist              236            NA           236           226
#> EmmacBurnBara              243           236            NA           230
#> EmmacClarJack              231           226           230            NA
#> EmmacClarYate              237           230           237           231
#> EmmacCoopAvin              221           216           221           213
#> EmmacCoopCully             237           233           236           227
#> EmmacCoopEulb              236           231           235           228
#> EmmacFitzAllig             244           237           244           229
#> EmmacJohnWari              236           237           236           226
#> EmmacMaclGeor              238           231           237           231
#> EmmacMaryBoru              240           233           242           227
#> EmmacMaryPetr              240           232           240           228
#> EmmacMDBBowm               242           235           241           230
#> EmmacMDBCond               241           234           241           230
#> EmmacMDBCudg               239           234           240           230
#> EmmacMDBForb               242           235           240           230
#> EmmacMDBGwyd               240           233           239           230
#> EmmacMDBMaci               241           234           241           231
#> EmmacMDBMurrMung           240           232           238           230
#> EmmacMDBSanf               241           234           240           230
#> EmmacNormJack              236           236           237           226
#> EmmacNormLeic              223           225           225           217
#> EmmacNormSalt              219           220           221           214
#> EmmacRichCasi              244           234           243           232
#> EmmacRoss                  236           238           236           226
#> EmmacRussEube              245           238           243           230
#> EmmacTweeUki               244           234           241           231
#> EmsubRopeMata              221           214           219           208
#> EmvicVictJasp              219           213           217           207
#>                  EmmacClarYate EmmacCoopAvin EmmacCoopCully EmmacCoopEulb
#> EmmacBrisWive              237           221            237           236
#> EmmacBurdMist              230           216            233           231
#> EmmacBurnBara              237           221            236           235
#> EmmacClarJack              231           213            227           228
#> EmmacClarYate               NA           217            232           230
#> EmmacCoopAvin              217            NA            221           220
#> EmmacCoopCully             232           221             NA           237
#> EmmacCoopEulb              230           220            237            NA
#> EmmacFitzAllig             236           220            236           234
#> EmmacJohnWari              231           216            234           232
#> EmmacMaclGeor              237           215            231           229
#> EmmacMaryBoru              234           219            233           232
#> EmmacMaryPetr              234           218            233           232
#> EmmacMDBBowm               236           220            235           233
#> EmmacMDBCond               235           220            234           233
#> EmmacMDBCudg               235           220            234           233
#> EmmacMDBForb               235           219            235           233
#> EmmacMDBGwyd               236           220            234           232
#> EmmacMDBMaci               236           221            236           234
#> EmmacMDBMurrMung           236           219            233           231
#> EmmacMDBSanf               235           220            235           233
#> EmmacNormJack              233           217            235           232
#> EmmacNormLeic              222           206            222           220
#> EmmacNormSalt              217           204            219           218
#> EmmacRichCasi              239           221            236           234
#> EmmacRoss                  230           216            233           231
#> EmmacRussEube              237           222            238           235
#> EmmacTweeUki               237           218            234           232
#> EmsubRopeMata              215           199            214           211
#> EmvicVictJasp              212           197            213           211
#>                  EmmacFitzAllig EmmacJohnWari EmmacMaclGeor EmmacMaryBoru
#> EmmacBrisWive               244           236           238           240
#> EmmacBurdMist               237           237           231           233
#> EmmacBurnBara               244           236           237           242
#> EmmacClarJack               229           226           231           227
#> EmmacClarYate               236           231           237           234
#> EmmacCoopAvin               220           216           215           219
#> EmmacCoopCully              236           234           231           233
#> EmmacCoopEulb               234           232           229           232
#> EmmacFitzAllig               NA           236           238           241
#> EmmacJohnWari               236            NA           231           233
#> EmmacMaclGeor               238           231            NA           234
#> EmmacMaryBoru               241           233           234            NA
#> EmmacMaryPetr               239           232           234           239
#> EmmacMDBBowm                242           235           237           239
#> EmmacMDBCond                241           234           236           238
#> EmmacMDBCudg                239           234           235           237
#> EmmacMDBForb                241           235           236           238
#> EmmacMDBGwyd                240           233           236           238
#> EmmacMDBMaci                241           234           237           239
#> EmmacMDBMurrMung            239           232           236           237
#> EmmacMDBSanf                241           234           236           238
#> EmmacNormJack               237           237           233           234
#> EmmacNormLeic               225           225           222           225
#> EmmacNormSalt               220           221           216           220
#> EmmacRichCasi               243           234           239           239
#> EmmacRoss                   237           237           231           233
#> EmmacRussEube               244           238           238           240
#> EmmacTweeUki                242           234           239           239
#> EmsubRopeMata               220           214           216           218
#> EmvicVictJasp               218           213           213           214
#>                  EmmacMaryPetr EmmacMDBBowm EmmacMDBCond EmmacMDBCudg
#> EmmacBrisWive              240          242          241          239
#> EmmacBurdMist              232          235          234          234
#> EmmacBurnBara              240          241          241          240
#> EmmacClarJack              228          230          230          230
#> EmmacClarYate              234          236          235          235
#> EmmacCoopAvin              218          220          220          220
#> EmmacCoopCully             233          235          234          234
#> EmmacCoopEulb              232          233          233          233
#> EmmacFitzAllig             239          242          241          239
#> EmmacJohnWari              232          235          234          234
#> EmmacMaclGeor              234          237          236          235
#> EmmacMaryBoru              239          239          238          237
#> EmmacMaryPetr               NA          238          237          236
#> EmmacMDBBowm               238           NA          243          242
#> EmmacMDBCond               237          243           NA          242
#> EmmacMDBCudg               236          242          242           NA
#> EmmacMDBForb               238          244          242          241
#> EmmacMDBGwyd               237          243          242          242
#> EmmacMDBMaci               238          244          243          242
#> EmmacMDBMurrMung           237          242          240          240
#> EmmacMDBSanf               237          244          244          242
#> EmmacNormJack              232          236          234          234
#> EmmacNormLeic              221          223          222          223
#> EmmacNormSalt              218          219          218          218
#> EmmacRichCasi              239          243          242          241
#> EmmacRoss                  232          235          234          234
#> EmmacRussEube              238          242          242          240
#> EmmacTweeUki               238          241          240          239
#> EmsubRopeMata              214          218          218          216
#> EmvicVictJasp              213          215          216          213
#>                  EmmacMDBForb EmmacMDBGwyd EmmacMDBMaci EmmacMDBMurrMung
#> EmmacBrisWive             242          240          241              240
#> EmmacBurdMist             235          233          234              232
#> EmmacBurnBara             240          239          241              238
#> EmmacClarJack             230          230          231              230
#> EmmacClarYate             235          236          236              236
#> EmmacCoopAvin             219          220          221              219
#> EmmacCoopCully            235          234          236              233
#> EmmacCoopEulb             233          232          234              231
#> EmmacFitzAllig            241          240          241              239
#> EmmacJohnWari             235          233          234              232
#> EmmacMaclGeor             236          236          237              236
#> EmmacMaryBoru             238          238          239              237
#> EmmacMaryPetr             238          237          238              237
#> EmmacMDBBowm              244          243          244              242
#> EmmacMDBCond              242          242          243              240
#> EmmacMDBCudg              241          242          242              240
#> EmmacMDBForb               NA          242          243              241
#> EmmacMDBGwyd              242           NA          243              242
#> EmmacMDBMaci              243          243           NA              241
#> EmmacMDBMurrMung          241          242          241               NA
#> EmmacMDBSanf              243          243          245              241
#> EmmacNormJack             235          234          236              233
#> EmmacNormLeic             222          223          223              222
#> EmmacNormSalt             218          218          219              217
#> EmmacRichCasi             242          241          242              241
#> EmmacRoss                 235          233          234              232
#> EmmacRussEube             241          241          243              239
#> EmmacTweeUki              241          240          240              240
#> EmsubRopeMata             217          217          219              215
#> EmvicVictJasp             215          214          216              212
#>                  EmmacMDBSanf EmmacNormJack EmmacNormLeic EmmacNormSalt
#> EmmacBrisWive             241           236           223           219
#> EmmacBurdMist             234           236           225           220
#> EmmacBurnBara             240           237           225           221
#> EmmacClarJack             230           226           217           214
#> EmmacClarYate             235           233           222           217
#> EmmacCoopAvin             220           217           206           204
#> EmmacCoopCully            235           235           222           219
#> EmmacCoopEulb             233           232           220           218
#> EmmacFitzAllig            241           237           225           220
#> EmmacJohnWari             234           237           225           221
#> EmmacMaclGeor             236           233           222           216
#> EmmacMaryBoru             238           234           225           220
#> EmmacMaryPetr             237           232           221           218
#> EmmacMDBBowm              244           236           223           219
#> EmmacMDBCond              244           234           222           218
#> EmmacMDBCudg              242           234           223           218
#> EmmacMDBForb              243           235           222           218
#> EmmacMDBGwyd              243           234           223           218
#> EmmacMDBMaci              245           236           223           219
#> EmmacMDBMurrMung          241           233           222           217
#> EmmacMDBSanf               NA           235           222           218
#> EmmacNormJack             235            NA           226           222
#> EmmacNormLeic             222           226            NA           218
#> EmmacNormSalt             218           222           218            NA
#> EmmacRichCasi             242           235           222           218
#> EmmacRoss                 234           236           225           220
#> EmmacRussEube             243           239           226           222
#> EmmacTweeUki              240           234           223           218
#> EmsubRopeMata             219           215           204           200
#> EmvicVictJasp             217           213           202           199
#>                  EmmacRichCasi EmmacRoss EmmacRussEube EmmacTweeUki
#> EmmacBrisWive              244       236           245          244
#> EmmacBurdMist              234       238           238          234
#> EmmacBurnBara              243       236           243          241
#> EmmacClarJack              232       226           230          231
#> EmmacClarYate              239       230           237          237
#> EmmacCoopAvin              221       216           222          218
#> EmmacCoopCully             236       233           238          234
#> EmmacCoopEulb              234       231           235          232
#> EmmacFitzAllig             243       237           244          242
#> EmmacJohnWari              234       237           238          234
#> EmmacMaclGeor              239       231           238          239
#> EmmacMaryBoru              239       233           240          239
#> EmmacMaryPetr              239       232           238          238
#> EmmacMDBBowm               243       235           242          241
#> EmmacMDBCond               242       234           242          240
#> EmmacMDBCudg               241       234           240          239
#> EmmacMDBForb               242       235           241          241
#> EmmacMDBGwyd               241       233           241          240
#> EmmacMDBMaci               242       234           243          240
#> EmmacMDBMurrMung           241       232           239          240
#> EmmacMDBSanf               242       234           243          240
#> EmmacNormJack              235       236           239          234
#> EmmacNormLeic              222       225           226          223
#> EmmacNormSalt              218       220           222          218
#> EmmacRichCasi               NA       234           243          243
#> EmmacRoss                  234        NA           238          234
#> EmmacRussEube              243       238            NA          242
#> EmmacTweeUki               243       234           242           NA
#> EmsubRopeMata              220       214           227          220
#> EmvicVictJasp              217       213           224          217
#>                  EmsubRopeMata EmvicVictJasp
#> EmmacBrisWive              221           219
#> EmmacBurdMist              214           213
#> EmmacBurnBara              219           217
#> EmmacClarJack              208           207
#> EmmacClarYate              215           212
#> EmmacCoopAvin              199           197
#> EmmacCoopCully             214           213
#> EmmacCoopEulb              211           211
#> EmmacFitzAllig             220           218
#> EmmacJohnWari              214           213
#> EmmacMaclGeor              216           213
#> EmmacMaryBoru              218           214
#> EmmacMaryPetr              214           213
#> EmmacMDBBowm               218           215
#> EmmacMDBCond               218           216
#> EmmacMDBCudg               216           213
#> EmmacMDBForb               217           215
#> EmmacMDBGwyd               217           214
#> EmmacMDBMaci               219           216
#> EmmacMDBMurrMung           215           212
#> EmmacMDBSanf               219           217
#> EmmacNormJack              215           213
#> EmmacNormLeic              204           202
#> EmmacNormSalt              200           199
#> EmmacRichCasi              220           217
#> EmmacRoss                  214           213
#> EmmacRussEube              227           224
#> EmmacTweeUki               220           217
#> EmsubRopeMata               NA           217
#> EmvicVictJasp              217            NA
#> 
#> $expfpos
#>       [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]
#>  [1,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#>  [2,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#>  [3,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#>  [4,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#>  [5,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#>  [6,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#>  [7,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#>  [8,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#>  [9,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [10,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [11,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [12,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [13,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [14,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [15,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [16,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [17,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [18,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [19,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [20,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [21,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [22,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [23,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [24,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [25,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [26,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [27,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [28,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [29,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [30,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#>       [,14] [,15] [,16] [,17] [,18] [,19] [,20] [,21] [,22] [,23] [,24] [,25]
#>  [1,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [2,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [3,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [4,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [5,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [6,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [7,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [8,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [9,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [10,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [11,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [12,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [13,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [14,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [15,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [16,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [17,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [18,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [19,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [20,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [21,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [22,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [23,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [24,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [25,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [26,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [27,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [28,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [29,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [30,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#>       [,26] [,27] [,28] [,29] [,30]
#>  [1,]    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [2,]    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [3,]    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [4,]    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [5,]    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [6,]    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [7,]    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [8,]    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [9,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [10,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [11,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [12,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [13,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [14,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [15,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [16,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [17,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [18,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [19,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [20,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [21,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [22,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [23,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [24,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [25,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [26,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [27,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [28,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [29,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [30,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> 
#> $sdfpos
#>       [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]
#>  [1,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#>  [2,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#>  [3,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#>  [4,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#>  [5,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#>  [6,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#>  [7,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#>  [8,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#>  [9,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [10,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [11,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [12,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [13,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [14,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [15,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [16,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [17,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [18,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [19,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [20,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [21,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [22,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [23,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [24,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [25,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [26,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [27,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [28,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [29,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [30,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#>       [,14] [,15] [,16] [,17] [,18] [,19] [,20] [,21] [,22] [,23] [,24] [,25]
#>  [1,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [2,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [3,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [4,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [5,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [6,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [7,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [8,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [9,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [10,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [11,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [12,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [13,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [14,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [15,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [16,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [17,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [18,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [19,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [20,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [21,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [22,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [23,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [24,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [25,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [26,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [27,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [28,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [29,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [30,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#>       [,26] [,27] [,28] [,29] [,30]
#>  [1,]    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [2,]    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [3,]    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [4,]    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [5,]    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [6,]    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [7,]    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [8,]    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [9,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [10,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [11,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [12,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [13,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [14,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [15,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [16,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [17,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [18,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [19,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [20,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [21,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [22,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [23,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [24,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [25,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [26,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [27,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [28,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [29,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [30,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> 
#> $pval
#>       [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]
#>  [1,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#>  [2,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#>  [3,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#>  [4,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#>  [5,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#>  [6,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#>  [7,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#>  [8,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#>  [9,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [10,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [11,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [12,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [13,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [14,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [15,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [16,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [17,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [18,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [19,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [20,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [21,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [22,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [23,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [24,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [25,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [26,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [27,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [28,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [29,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#> [30,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    NA    NA    NA    NA
#>       [,14] [,15] [,16] [,17] [,18] [,19] [,20] [,21] [,22] [,23] [,24] [,25]
#>  [1,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [2,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [3,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [4,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [5,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [6,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [7,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [8,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [9,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [10,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [11,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [12,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [13,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [14,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [15,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [16,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [17,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [18,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [19,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [20,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [21,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [22,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [23,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [24,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [25,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [26,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [27,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [28,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [29,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> [30,]    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#>       [,26] [,27] [,28] [,29] [,30]
#>  [1,]    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [2,]    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [3,]    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [4,]    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [5,]    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [6,]    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [7,]    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [8,]    NA    NA    NA    NA    NA
#>  [9,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [10,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [11,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [12,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [13,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [14,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [15,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [16,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [17,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [18,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [19,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [20,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [21,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [22,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [23,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [24,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [25,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [26,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [27,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [28,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [29,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> [30,]    NA    NA    NA    NA    NA
#> 
#> attr(,"class")
#> [1] "fd"
fd2 <- gl.collapse(fd,tpop=1)
#> Starting gl.collapse 
#>   Processing a fixed difference (fd) object with SNP data
#>   Comparing populations for absolute fixed differences
#>   Amalgamating populations with corrobrated fixed 
#>                     differences, tpop = 1 
#> Completed: gl.collapse 
#> 
fd2
#> $gl
#>  /// GENLIGHT OBJECT /////////
#> 
#>  // 250 genotypes,  255 binary SNPs, size: 754.4 Kb
#>  7868 (12.34 %) missing data
#> 
#>  // Basic content
#>    @gen: list of 250 SNPbin
#>    @ploidy: ploidy of each individual  (range: 2-2)
#> 
#>  // Optional content
#>    @ind.names:  250 individual labels
#>    @loc.names:  255 locus labels
#>    @loc.all:  255 alleles
#>    @position: integer storing positions of the SNPs
#>    @pop: population of each individual (group size range: 5-210)
#>    @other: a list containing: loc.metrics  latlong  ind.metrics  history  loc.metrics.flags 
#> 
#> 
#> $fd
#>                EmmacBrisWive+ EmmacCoopAvin+ EmsubRopeMata
#> EmmacCoopAvin+              1                             
#> EmsubRopeMata               5             12              
#> EmvicVictJasp               5             19            13
#> 
#> $pcfd
#>                EmmacBrisWive+ EmmacCoopAvin+ EmsubRopeMata
#> EmmacCoopAvin+              0                             
#> EmsubRopeMata               2              6              
#> EmvicVictJasp               2              9             6
#> 
#> $nobs
#>                EmmacBrisWive+ EmmacCoopAvin+ EmsubRopeMata EmvicVictJasp
#> EmmacBrisWive+             NA          211.9         190.0         190.0
#> EmmacCoopAvin+          211.9             NA          31.3          31.4
#> EmsubRopeMata           190.0           31.3            NA           9.4
#> EmvicVictJasp           190.0           31.4           9.4            NA
#> 
#> $nloc
#>                EmmacBrisWive+ EmmacCoopAvin+ EmsubRopeMata EmvicVictJasp
#> EmmacBrisWive+             NA            244           228           225
#> EmmacCoopAvin+            244             NA           217           214
#> EmsubRopeMata             228            217            NA           217
#> EmvicVictJasp             225            214           217            NA
#> 
#> $expfpos
#>      [,1] [,2] [,3] [,4]
#> [1,]   NA   NA   NA   NA
#> [2,]   NA   NA   NA   NA
#> [3,]   NA   NA   NA   NA
#> [4,]   NA   NA   NA   NA
#> 
#> $sdfpos
#>      [,1] [,2] [,3] [,4]
#> [1,]   NA   NA   NA   NA
#> [2,]   NA   NA   NA   NA
#> [3,]   NA   NA   NA   NA
#> [4,]   NA   NA   NA   NA
#> 
#> $pval
#>      [,1] [,2] [,3] [,4]
#> [1,]   NA   NA   NA   NA
#> [2,]   NA   NA   NA   NA
#> [3,]   NA   NA   NA   NA
#> [4,]   NA   NA   NA   NA
#> 
#> attr(,"class")
#> [1] "fd"
fd3 <- gl.collapse(fd2,tpop=1)
#> Starting gl.collapse 
#>   Processing a fixed difference (fd) object with SNP data
#>   Comparing populations for absolute fixed differences
#>   Amalgamating populations with corrobrated fixed 
#>                     differences, tpop = 1 
#> Completed: gl.collapse 
#> 
fd3
#> $gl
#>  /// GENLIGHT OBJECT /////////
#> 
#>  // 250 genotypes,  255 binary SNPs, size: 757.4 Kb
#>  7868 (12.34 %) missing data
#> 
#>  // Basic content
#>    @gen: list of 250 SNPbin
#>    @ploidy: ploidy of each individual  (range: 2-2)
#> 
#>  // Optional content
#>    @ind.names:  250 individual labels
#>    @loc.names:  255 locus labels
#>    @loc.all:  255 alleles
#>    @position: integer storing positions of the SNPs
#>    @pop: population of each individual (group size range: 5-240)
#>    @other: a list containing: loc.metrics  latlong  ind.metrics  history  loc.metrics.flags 
#> 
#> 
#> $fd
#>               EmmacBrisWive++ EmsubRopeMata
#> EmsubRopeMata               5              
#> EmvicVictJasp               5            13
#> 
#> $pcfd
#>               EmmacBrisWive++ EmsubRopeMata
#> EmsubRopeMata               2              
#> EmvicVictJasp               2             6
#> 
#> $nobs
#>                 EmmacBrisWive++ EmsubRopeMata EmvicVictJasp
#> EmmacBrisWive++              NA         215.5         215.5
#> EmsubRopeMata             215.5            NA           9.4
#> EmvicVictJasp             215.5           9.4            NA
#> 
#> $nloc
#>                 EmmacBrisWive++ EmsubRopeMata EmvicVictJasp
#> EmmacBrisWive++              NA           228           225
#> EmsubRopeMata               228            NA           217
#> EmvicVictJasp               225           217            NA
#> 
#> $expfpos
#>      [,1] [,2] [,3]
#> [1,]   NA   NA   NA
#> [2,]   NA   NA   NA
#> [3,]   NA   NA   NA
#> 
#> $sdfpos
#>      [,1] [,2] [,3]
#> [1,]   NA   NA   NA
#> [2,]   NA   NA   NA
#> [3,]   NA   NA   NA
#> 
#> $pval
#>      [,1] [,2] [,3]
#> [1,]   NA   NA   NA
#> [2,]   NA   NA   NA
#> [3,]   NA   NA   NA
#> 
#> attr(,"class")
#> [1] "fd"
# }
 fd <- gl.fixed.diff(testset.gl,tloc=0.05)
#> Starting gl.fixed.diff 
#>   Processing genlight object with SNP data
#>   Comparing populations for fixed differences with tolerance 0.05 
#>   Warning: Monomorphic loci retained, used in calculations
#>   Comparing populations pairwise -- this may take time. Please be patient
#> Completed: gl.fixed.diff 
#> 
 fd2 <- gl.collapse(fd)
#> Starting gl.collapse 
#>   Processing a fixed difference (fd) object with SNP data
#>   Comparing populations for absolute fixed differences
#>   Amalgamating populations with zero fixed differences
#> Completed: gl.collapse 
#>