Collapses a distance matrix by amalgamating populations with pairwise fixed difference count less that a threshold
Source:R/gl.collapse.r
gl.collapse.RdThis script takes a file generated by gl.fixed.diff and amalgamates populations with distance less than or equal to a specified threshold. The distance matrix is generated by gl.fixed.diff().
The script then applies the new population assignments to the genlight object and recalculates the distance and associated matrices.
Arguments
- fd
Name of the list of matrices produced by gl.fixed.diff() [required].
- tpop
Threshold number of fixed differences above which populations will not be amalgamated [default 0].
- tloc
Threshold defining a fixed difference (e.g. 0.05 implies 95:5 vs 5:95 is fixed) [default 0].
- pb
If TRUE, show a progress bar on time consuming loops [default FALSE].
- verbose
Verbosity: 0, silent or fatal errors; 1, begin and end; 2, progress log; 3, progress and results summary; 5, full report [default 2 or as specified using gl.set.verbosity]
Value
A list containing the gl object x and the following square matrices:
$gl – the new genlight object with populations collapsed;
$fd – raw fixed differences;
$pcfd – percent fixed differences;
$nobs – mean no. of individuals used in each comparison;
$nloc – total number of loci used in each comparison;
$expfpos – NA's, populated by gl.fixed.diff [by simulation]
$expfpos – NA's, populated by gl.fixed.diff [by simulation]
$prob – NA's, populated by gl.fixed.diff [by simulation]
Author
Custodian: Arthur Georges – Post to https://groups.google.com/d/forum/dartr
Examples
# \donttest{
fd <- gl.fixed.diff(testset.gl,tloc=0.05)
#> Starting gl.fixed.diff
#> Processing genlight object with SNP data
#> Comparing populations for fixed differences with tolerance 0.05
#> Warning: Monomorphic loci retained, used in calculations
#> Comparing populations pairwise -- this may take time. Please be patient
#> Completed: gl.fixed.diff
#>
fd
#> $gl
#> /// GENLIGHT OBJECT /////////
#>
#> // 250 genotypes, 255 binary SNPs, size: 752 Kb
#> 7868 (12.34 %) missing data
#>
#> // Basic content
#> @gen: list of 250 SNPbin
#> @ploidy: ploidy of each individual (range: 2-2)
#>
#> // Optional content
#> @ind.names: 250 individual labels
#> @loc.names: 255 locus labels
#> @loc.all: 255 alleles
#> @position: integer storing positions of the SNPs
#> @pop: population of each individual (group size range: 1-11)
#> @other: a list containing: loc.metrics latlong ind.metrics history loc.metrics.flags
#>
#>
#> $fd
#> EmmacBrisWive EmmacBurdMist EmmacBurnBara EmmacClarJack
#> EmmacBurdMist 1
#> EmmacBurnBara 0 0
#> EmmacClarJack 0 1 0
#> EmmacClarYate 1 1 0 0
#> EmmacCoopAvin 5 4 2 3
#> EmmacCoopCully 5 4 2 3
#> EmmacCoopEulb 5 4 2 3
#> EmmacFitzAllig 1 0 0 1
#> EmmacJohnWari 1 0 0 1
#> EmmacMaclGeor 1 0 0 0
#> EmmacMaryBoru 0 0 0 1
#> EmmacMaryPetr 0 0 0 0
#> EmmacMDBBowm 1 1 0 0
#> EmmacMDBCond 1 1 0 0
#> EmmacMDBCudg 1 1 0 0
#> EmmacMDBForb 1 2 0 0
#> EmmacMDBGwyd 1 1 0 0
#> EmmacMDBMaci 0 0 0 1
#> EmmacMDBMurrMung 1 2 0 1
#> EmmacMDBSanf 1 2 0 2
#> EmmacNormJack 1 1 0 2
#> EmmacNormLeic 2 2 1 2
#> EmmacNormSalt 1 0 0 1
#> EmmacRichCasi 0 0 0 0
#> EmmacRoss 1 0 0 1
#> EmmacRussEube 4 1 2 2
#> EmmacTweeUki 0 0 0 0
#> EmsubRopeMata 15 12 12 12
#> EmvicVictJasp 23 19 20 20
#> EmmacClarYate EmmacCoopAvin EmmacCoopCully EmmacCoopEulb
#> EmmacBurdMist
#> EmmacBurnBara
#> EmmacClarJack
#> EmmacClarYate
#> EmmacCoopAvin 3
#> EmmacCoopCully 3 0
#> EmmacCoopEulb 3 0 0
#> EmmacFitzAllig 1 4 4 4
#> EmmacJohnWari 1 4 4 4
#> EmmacMaclGeor 0 3 3 3
#> EmmacMaryBoru 1 4 4 4
#> EmmacMaryPetr 0 2 2 2
#> EmmacMDBBowm 0 3 3 3
#> EmmacMDBCond 0 3 3 3
#> EmmacMDBCudg 0 3 3 3
#> EmmacMDBForb 0 3 3 3
#> EmmacMDBGwyd 0 3 3 3
#> EmmacMDBMaci 0 3 3 3
#> EmmacMDBMurrMung 1 4 4 4
#> EmmacMDBSanf 1 4 4 4
#> EmmacNormJack 2 5 5 5
#> EmmacNormLeic 2 6 6 6
#> EmmacNormSalt 1 4 4 4
#> EmmacRichCasi 0 3 3 3
#> EmmacRoss 1 4 4 4
#> EmmacRussEube 1 4 3 3
#> EmmacTweeUki 0 3 3 3
#> EmsubRopeMata 11 12 13 13
#> EmvicVictJasp 19 20 21 21
#> EmmacFitzAllig EmmacJohnWari EmmacMaclGeor EmmacMaryBoru
#> EmmacBurdMist
#> EmmacBurnBara
#> EmmacClarJack
#> EmmacClarYate
#> EmmacCoopAvin
#> EmmacCoopCully
#> EmmacCoopEulb
#> EmmacFitzAllig
#> EmmacJohnWari 0
#> EmmacMaclGeor 0 0
#> EmmacMaryBoru 0 0 0
#> EmmacMaryPetr 0 0 0 0
#> EmmacMDBBowm 0 1 0 0
#> EmmacMDBCond 0 1 0 0
#> EmmacMDBCudg 0 1 0 0
#> EmmacMDBForb 1 2 0 1
#> EmmacMDBGwyd 0 1 0 0
#> EmmacMDBMaci 0 0 0 0
#> EmmacMDBMurrMung 0 1 1 0
#> EmmacMDBSanf 0 1 1 0
#> EmmacNormJack 0 0 1 0
#> EmmacNormLeic 1 1 1 1
#> EmmacNormSalt 0 0 0 0
#> EmmacRichCasi 0 0 0 0
#> EmmacRoss 0 0 0 0
#> EmmacRussEube 3 0 1 2
#> EmmacTweeUki 0 0 0 0
#> EmsubRopeMata 13 12 13 12
#> EmvicVictJasp 21 20 21 19
#> EmmacMaryPetr EmmacMDBBowm EmmacMDBCond EmmacMDBCudg
#> EmmacBurdMist
#> EmmacBurnBara
#> EmmacClarJack
#> EmmacClarYate
#> EmmacCoopAvin
#> EmmacCoopCully
#> EmmacCoopEulb
#> EmmacFitzAllig
#> EmmacJohnWari
#> EmmacMaclGeor
#> EmmacMaryBoru
#> EmmacMaryPetr
#> EmmacMDBBowm 0
#> EmmacMDBCond 0 0
#> EmmacMDBCudg 0 0 0
#> EmmacMDBForb 0 0 0 0
#> EmmacMDBGwyd 0 0 0 0
#> EmmacMDBMaci 0 0 0 0
#> EmmacMDBMurrMung 0 0 0 0
#> EmmacMDBSanf 0 0 0 0
#> EmmacNormJack 0 0 0 0
#> EmmacNormLeic 1 0 1 1
#> EmmacNormSalt 0 0 0 0
#> EmmacRichCasi 0 1 1 1
#> EmmacRoss 0 1 1 1
#> EmmacRussEube 3 4 4 3
#> EmmacTweeUki 0 1 1 1
#> EmsubRopeMata 13 14 15 14
#> EmvicVictJasp 21 22 23 22
#> EmmacMDBForb EmmacMDBGwyd EmmacMDBMaci EmmacMDBMurrMung
#> EmmacBurdMist
#> EmmacBurnBara
#> EmmacClarJack
#> EmmacClarYate
#> EmmacCoopAvin
#> EmmacCoopCully
#> EmmacCoopEulb
#> EmmacFitzAllig
#> EmmacJohnWari
#> EmmacMaclGeor
#> EmmacMaryBoru
#> EmmacMaryPetr
#> EmmacMDBBowm
#> EmmacMDBCond
#> EmmacMDBCudg
#> EmmacMDBForb
#> EmmacMDBGwyd 0
#> EmmacMDBMaci 0 0
#> EmmacMDBMurrMung 0 0 0
#> EmmacMDBSanf 0 0 0 0
#> EmmacNormJack 1 0 0 0
#> EmmacNormLeic 2 1 1 1
#> EmmacNormSalt 1 0 0 0
#> EmmacRichCasi 1 1 0 1
#> EmmacRoss 2 1 0 1
#> EmmacRussEube 5 4 3 4
#> EmmacTweeUki 1 1 0 1
#> EmsubRopeMata 14 15 14 16
#> EmvicVictJasp 22 23 22 24
#> EmmacMDBSanf EmmacNormJack EmmacNormLeic EmmacNormSalt
#> EmmacBurdMist
#> EmmacBurnBara
#> EmmacClarJack
#> EmmacClarYate
#> EmmacCoopAvin
#> EmmacCoopCully
#> EmmacCoopEulb
#> EmmacFitzAllig
#> EmmacJohnWari
#> EmmacMaclGeor
#> EmmacMaryBoru
#> EmmacMaryPetr
#> EmmacMDBBowm
#> EmmacMDBCond
#> EmmacMDBCudg
#> EmmacMDBForb
#> EmmacMDBGwyd
#> EmmacMDBMaci
#> EmmacMDBMurrMung
#> EmmacMDBSanf
#> EmmacNormJack 0
#> EmmacNormLeic 1 0
#> EmmacNormSalt 0 0 0
#> EmmacRichCasi 1 0 0 0
#> EmmacRoss 1 0 1 0
#> EmmacRussEube 4 0 0 0
#> EmmacTweeUki 1 0 0 0
#> EmsubRopeMata 16 12 11 9
#> EmvicVictJasp 24 20 19 17
#> EmmacRichCasi EmmacRoss EmmacRussEube EmmacTweeUki
#> EmmacBurdMist
#> EmmacBurnBara
#> EmmacClarJack
#> EmmacClarYate
#> EmmacCoopAvin
#> EmmacCoopCully
#> EmmacCoopEulb
#> EmmacFitzAllig
#> EmmacJohnWari
#> EmmacMaclGeor
#> EmmacMaryBoru
#> EmmacMaryPetr
#> EmmacMDBBowm
#> EmmacMDBCond
#> EmmacMDBCudg
#> EmmacMDBForb
#> EmmacMDBGwyd
#> EmmacMDBMaci
#> EmmacMDBMurrMung
#> EmmacMDBSanf
#> EmmacNormJack
#> EmmacNormLeic
#> EmmacNormSalt
#> EmmacRichCasi
#> EmmacRoss 0
#> EmmacRussEube 1 1
#> EmmacTweeUki 0 0 2
#> EmsubRopeMata 13 11 9 13
#> EmvicVictJasp 21 19 16 20
#> EmsubRopeMata
#> EmmacBurdMist
#> EmmacBurnBara
#> EmmacClarJack
#> EmmacClarYate
#> EmmacCoopAvin
#> EmmacCoopCully
#> EmmacCoopEulb
#> EmmacFitzAllig
#> EmmacJohnWari
#> EmmacMaclGeor
#> EmmacMaryBoru
#> EmmacMaryPetr
#> EmmacMDBBowm
#> EmmacMDBCond
#> EmmacMDBCudg
#> EmmacMDBForb
#> EmmacMDBGwyd
#> EmmacMDBMaci
#> EmmacMDBMurrMung
#> EmmacMDBSanf
#> EmmacNormJack
#> EmmacNormLeic
#> EmmacNormSalt
#> EmmacRichCasi
#> EmmacRoss
#> EmmacRussEube
#> EmmacTweeUki
#> EmsubRopeMata
#> EmvicVictJasp 13
#>
#> $pcfd
#> EmmacBrisWive EmmacBurdMist EmmacBurnBara EmmacClarJack
#> EmmacBurdMist 0
#> EmmacBurnBara 0 0
#> EmmacClarJack 0 0 0
#> EmmacClarYate 0 0 0 0
#> EmmacCoopAvin 2 2 1 1
#> EmmacCoopCully 2 2 1 1
#> EmmacCoopEulb 2 2 1 1
#> EmmacFitzAllig 0 0 0 0
#> EmmacJohnWari 0 0 0 0
#> EmmacMaclGeor 0 0 0 0
#> EmmacMaryBoru 0 0 0 0
#> EmmacMaryPetr 0 0 0 0
#> EmmacMDBBowm 0 0 0 0
#> EmmacMDBCond 0 0 0 0
#> EmmacMDBCudg 0 0 0 0
#> EmmacMDBForb 0 1 0 0
#> EmmacMDBGwyd 0 0 0 0
#> EmmacMDBMaci 0 0 0 0
#> EmmacMDBMurrMung 0 1 0 0
#> EmmacMDBSanf 0 1 0 1
#> EmmacNormJack 0 0 0 1
#> EmmacNormLeic 1 1 0 1
#> EmmacNormSalt 0 0 0 0
#> EmmacRichCasi 0 0 0 0
#> EmmacRoss 0 0 0 0
#> EmmacRussEube 2 0 1 1
#> EmmacTweeUki 0 0 0 0
#> EmsubRopeMata 7 6 5 6
#> EmvicVictJasp 11 9 9 10
#> EmmacClarYate EmmacCoopAvin EmmacCoopCully EmmacCoopEulb
#> EmmacBurdMist
#> EmmacBurnBara
#> EmmacClarJack
#> EmmacClarYate
#> EmmacCoopAvin 1
#> EmmacCoopCully 1 0
#> EmmacCoopEulb 1 0 0
#> EmmacFitzAllig 0 2 2 2
#> EmmacJohnWari 0 2 2 2
#> EmmacMaclGeor 0 1 1 1
#> EmmacMaryBoru 0 2 2 2
#> EmmacMaryPetr 0 1 1 1
#> EmmacMDBBowm 0 1 1 1
#> EmmacMDBCond 0 1 1 1
#> EmmacMDBCudg 0 1 1 1
#> EmmacMDBForb 0 1 1 1
#> EmmacMDBGwyd 0 1 1 1
#> EmmacMDBMaci 0 1 1 1
#> EmmacMDBMurrMung 0 2 2 2
#> EmmacMDBSanf 0 2 2 2
#> EmmacNormJack 1 2 2 2
#> EmmacNormLeic 1 3 3 3
#> EmmacNormSalt 0 2 2 2
#> EmmacRichCasi 0 1 1 1
#> EmmacRoss 0 2 2 2
#> EmmacRussEube 0 2 1 1
#> EmmacTweeUki 0 1 1 1
#> EmsubRopeMata 5 6 6 6
#> EmvicVictJasp 9 10 10 10
#> EmmacFitzAllig EmmacJohnWari EmmacMaclGeor EmmacMaryBoru
#> EmmacBurdMist
#> EmmacBurnBara
#> EmmacClarJack
#> EmmacClarYate
#> EmmacCoopAvin
#> EmmacCoopCully
#> EmmacCoopEulb
#> EmmacFitzAllig
#> EmmacJohnWari 0
#> EmmacMaclGeor 0 0
#> EmmacMaryBoru 0 0 0
#> EmmacMaryPetr 0 0 0 0
#> EmmacMDBBowm 0 0 0 0
#> EmmacMDBCond 0 0 0 0
#> EmmacMDBCudg 0 0 0 0
#> EmmacMDBForb 0 1 0 0
#> EmmacMDBGwyd 0 0 0 0
#> EmmacMDBMaci 0 0 0 0
#> EmmacMDBMurrMung 0 0 0 0
#> EmmacMDBSanf 0 0 0 0
#> EmmacNormJack 0 0 0 0
#> EmmacNormLeic 0 0 0 0
#> EmmacNormSalt 0 0 0 0
#> EmmacRichCasi 0 0 0 0
#> EmmacRoss 0 0 0 0
#> EmmacRussEube 1 0 0 1
#> EmmacTweeUki 0 0 0 0
#> EmsubRopeMata 6 6 6 6
#> EmvicVictJasp 10 9 10 9
#> EmmacMaryPetr EmmacMDBBowm EmmacMDBCond EmmacMDBCudg
#> EmmacBurdMist
#> EmmacBurnBara
#> EmmacClarJack
#> EmmacClarYate
#> EmmacCoopAvin
#> EmmacCoopCully
#> EmmacCoopEulb
#> EmmacFitzAllig
#> EmmacJohnWari
#> EmmacMaclGeor
#> EmmacMaryBoru
#> EmmacMaryPetr
#> EmmacMDBBowm 0
#> EmmacMDBCond 0 0
#> EmmacMDBCudg 0 0 0
#> EmmacMDBForb 0 0 0 0
#> EmmacMDBGwyd 0 0 0 0
#> EmmacMDBMaci 0 0 0 0
#> EmmacMDBMurrMung 0 0 0 0
#> EmmacMDBSanf 0 0 0 0
#> EmmacNormJack 0 0 0 0
#> EmmacNormLeic 0 0 0 0
#> EmmacNormSalt 0 0 0 0
#> EmmacRichCasi 0 0 0 0
#> EmmacRoss 0 0 0 0
#> EmmacRussEube 1 2 2 1
#> EmmacTweeUki 0 0 0 0
#> EmsubRopeMata 6 6 7 6
#> EmvicVictJasp 10 10 11 10
#> EmmacMDBForb EmmacMDBGwyd EmmacMDBMaci EmmacMDBMurrMung
#> EmmacBurdMist
#> EmmacBurnBara
#> EmmacClarJack
#> EmmacClarYate
#> EmmacCoopAvin
#> EmmacCoopCully
#> EmmacCoopEulb
#> EmmacFitzAllig
#> EmmacJohnWari
#> EmmacMaclGeor
#> EmmacMaryBoru
#> EmmacMaryPetr
#> EmmacMDBBowm
#> EmmacMDBCond
#> EmmacMDBCudg
#> EmmacMDBForb
#> EmmacMDBGwyd 0
#> EmmacMDBMaci 0 0
#> EmmacMDBMurrMung 0 0 0
#> EmmacMDBSanf 0 0 0 0
#> EmmacNormJack 0 0 0 0
#> EmmacNormLeic 1 0 0 0
#> EmmacNormSalt 0 0 0 0
#> EmmacRichCasi 0 0 0 0
#> EmmacRoss 1 0 0 0
#> EmmacRussEube 2 2 1 2
#> EmmacTweeUki 0 0 0 0
#> EmsubRopeMata 6 7 6 7
#> EmvicVictJasp 10 11 10 11
#> EmmacMDBSanf EmmacNormJack EmmacNormLeic EmmacNormSalt
#> EmmacBurdMist
#> EmmacBurnBara
#> EmmacClarJack
#> EmmacClarYate
#> EmmacCoopAvin
#> EmmacCoopCully
#> EmmacCoopEulb
#> EmmacFitzAllig
#> EmmacJohnWari
#> EmmacMaclGeor
#> EmmacMaryBoru
#> EmmacMaryPetr
#> EmmacMDBBowm
#> EmmacMDBCond
#> EmmacMDBCudg
#> EmmacMDBForb
#> EmmacMDBGwyd
#> EmmacMDBMaci
#> EmmacMDBMurrMung
#> EmmacMDBSanf
#> EmmacNormJack 0
#> EmmacNormLeic 0 0
#> EmmacNormSalt 0 0 0
#> EmmacRichCasi 0 0 0 0
#> EmmacRoss 0 0 0 0
#> EmmacRussEube 2 0 0 0
#> EmmacTweeUki 0 0 0 0
#> EmsubRopeMata 7 6 5 4
#> EmvicVictJasp 11 9 9 9
#> EmmacRichCasi EmmacRoss EmmacRussEube EmmacTweeUki
#> EmmacBurdMist
#> EmmacBurnBara
#> EmmacClarJack
#> EmmacClarYate
#> EmmacCoopAvin
#> EmmacCoopCully
#> EmmacCoopEulb
#> EmmacFitzAllig
#> EmmacJohnWari
#> EmmacMaclGeor
#> EmmacMaryBoru
#> EmmacMaryPetr
#> EmmacMDBBowm
#> EmmacMDBCond
#> EmmacMDBCudg
#> EmmacMDBForb
#> EmmacMDBGwyd
#> EmmacMDBMaci
#> EmmacMDBMurrMung
#> EmmacMDBSanf
#> EmmacNormJack
#> EmmacNormLeic
#> EmmacNormSalt
#> EmmacRichCasi
#> EmmacRoss 0
#> EmmacRussEube 0 0
#> EmmacTweeUki 0 0 1
#> EmsubRopeMata 6 5 4 6
#> EmvicVictJasp 10 9 7 9
#> EmsubRopeMata
#> EmmacBurdMist
#> EmmacBurnBara
#> EmmacClarJack
#> EmmacClarYate
#> EmmacCoopAvin
#> EmmacCoopCully
#> EmmacCoopEulb
#> EmmacFitzAllig
#> EmmacJohnWari
#> EmmacMaclGeor
#> EmmacMaryBoru
#> EmmacMaryPetr
#> EmmacMDBBowm
#> EmmacMDBCond
#> EmmacMDBCudg
#> EmmacMDBForb
#> EmmacMDBGwyd
#> EmmacMDBMaci
#> EmmacMDBMurrMung
#> EmmacMDBSanf
#> EmmacNormJack
#> EmmacNormLeic
#> EmmacNormSalt
#> EmmacRichCasi
#> EmmacRoss
#> EmmacRussEube
#> EmmacTweeUki
#> EmsubRopeMata
#> EmvicVictJasp 6
#>
#> $nobs
#> EmmacBrisWive EmmacBurdMist EmmacBurnBara EmmacClarJack
#> EmmacBrisWive NA 18.5 19.2 13.8
#> EmmacBurdMist 18.5 NA 19.5 14.1
#> EmmacBurnBara 19.2 19.5 NA 14.8
#> EmmacClarJack 13.8 14.1 14.8 NA
#> EmmacClarYate 13.7 14.1 14.8 9.4
#> EmmacCoopAvin 17.8 18.1 18.8 13.4
#> EmmacCoopCully 18.8 19.1 19.8 14.4
#> EmmacCoopEulb 18.4 18.8 19.4 14.0
#> EmmacFitzAllig 18.4 18.7 19.4 14.0
#> EmmacJohnWari 18.7 19.0 19.7 14.3
#> EmmacMaclGeor 19.3 19.7 20.4 15.0
#> EmmacMaryBoru 14.7 15.0 15.7 10.3
#> EmmacMaryPetr 12.9 13.2 13.9 8.5
#> EmmacMDBBowm 18.3 18.6 19.3 13.9
#> EmmacMDBCond 18.3 18.7 19.3 13.9
#> EmmacMDBCudg 18.4 18.8 19.4 14.0
#> EmmacMDBForb 19.2 19.5 20.2 14.8
#> EmmacMDBGwyd 17.6 17.9 18.6 13.2
#> EmmacMDBMaci 18.2 18.5 19.2 13.8
#> EmmacMDBMurrMung 18.5 18.8 19.5 14.1
#> EmmacMDBSanf 18.3 18.7 19.3 13.9
#> EmmacNormJack 14.7 15.0 15.7 10.3
#> EmmacNormLeic 10.1 10.4 11.1 5.7
#> EmmacNormSalt 10.1 10.4 11.1 5.7
#> EmmacRichCasi 18.1 18.5 19.1 13.7
#> EmmacRoss 18.4 18.8 19.4 14.0
#> EmmacRussEube 17.8 18.2 18.9 13.5
#> EmmacTweeUki 18.2 18.5 19.2 13.8
#> EmsubRopeMata 13.8 14.1 14.8 9.4
#> EmvicVictJasp 13.8 14.2 14.8 9.4
#> EmmacClarYate EmmacCoopAvin EmmacCoopCully EmmacCoopEulb
#> EmmacBrisWive 13.7 17.8 18.8 18.4
#> EmmacBurdMist 14.1 18.1 19.1 18.8
#> EmmacBurnBara 14.8 18.8 19.8 19.4
#> EmmacClarJack 9.4 13.4 14.4 14.0
#> EmmacClarYate NA 13.4 14.3 14.0
#> EmmacCoopAvin 13.4 NA 18.4 18.0
#> EmmacCoopCully 14.3 18.4 NA 19.0
#> EmmacCoopEulb 14.0 18.0 19.0 NA
#> EmmacFitzAllig 13.9 18.0 19.0 18.6
#> EmmacJohnWari 14.2 18.3 19.3 18.9
#> EmmacMaclGeor 14.9 19.0 19.9 19.6
#> EmmacMaryBoru 10.2 14.3 15.3 14.9
#> EmmacMaryPetr 8.4 12.5 13.5 13.1
#> EmmacMDBBowm 13.8 17.9 18.9 18.5
#> EmmacMDBCond 13.9 17.9 18.9 18.5
#> EmmacMDBCudg 14.0 18.0 19.0 18.6
#> EmmacMDBForb 14.7 18.8 19.8 19.4
#> EmmacMDBGwyd 13.2 17.2 18.2 17.8
#> EmmacMDBMaci 13.8 17.8 18.8 18.4
#> EmmacMDBMurrMung 14.0 18.1 19.1 18.7
#> EmmacMDBSanf 13.9 17.9 18.9 18.6
#> EmmacNormJack 10.2 14.3 15.3 14.9
#> EmmacNormLeic 5.7 9.7 10.7 10.3
#> EmmacNormSalt 5.7 9.7 10.7 10.3
#> EmmacRichCasi 13.7 17.7 18.7 18.4
#> EmmacRoss 14.0 18.0 19.0 18.7
#> EmmacRussEube 13.4 17.5 18.4 18.1
#> EmmacTweeUki 13.8 17.8 18.8 18.4
#> EmsubRopeMata 9.3 13.4 14.4 14.0
#> EmvicVictJasp 9.4 13.4 14.4 14.1
#> EmmacFitzAllig EmmacJohnWari EmmacMaclGeor EmmacMaryBoru
#> EmmacBrisWive 18.4 18.7 19.3 14.7
#> EmmacBurdMist 18.7 19.0 19.7 15.0
#> EmmacBurnBara 19.4 19.7 20.4 15.7
#> EmmacClarJack 14.0 14.3 15.0 10.3
#> EmmacClarYate 13.9 14.2 14.9 10.2
#> EmmacCoopAvin 18.0 18.3 19.0 14.3
#> EmmacCoopCully 19.0 19.3 19.9 15.3
#> EmmacCoopEulb 18.6 18.9 19.6 14.9
#> EmmacFitzAllig NA 18.8 19.5 14.8
#> EmmacJohnWari 18.8 NA 19.8 15.1
#> EmmacMaclGeor 19.5 19.8 NA 15.8
#> EmmacMaryBoru 14.8 15.1 15.8 NA
#> EmmacMaryPetr 13.0 13.3 14.0 9.3
#> EmmacMDBBowm 18.4 18.8 19.4 14.8
#> EmmacMDBCond 18.5 18.8 19.5 14.8
#> EmmacMDBCudg 18.6 18.9 19.6 14.9
#> EmmacMDBForb 19.3 19.6 20.3 15.6
#> EmmacMDBGwyd 17.8 18.1 18.8 14.1
#> EmmacMDBMaci 18.4 18.7 19.3 14.7
#> EmmacMDBMurrMung 18.6 18.9 19.6 14.9
#> EmmacMDBSanf 18.5 18.8 19.5 14.8
#> EmmacNormJack 14.8 15.2 15.8 11.2
#> EmmacNormLeic 10.3 10.6 11.2 6.6
#> EmmacNormSalt 10.3 10.6 11.2 6.6
#> EmmacRichCasi 18.3 18.6 19.3 14.6
#> EmmacRoss 18.6 18.9 19.6 14.9
#> EmmacRussEube 18.0 18.3 19.0 14.3
#> EmmacTweeUki 18.4 18.7 19.3 14.7
#> EmsubRopeMata 13.9 14.2 14.9 10.2
#> EmvicVictJasp 14.0 14.3 15.0 10.3
#> EmmacMaryPetr EmmacMDBBowm EmmacMDBCond EmmacMDBCudg
#> EmmacBrisWive 12.9 18.3 18.3 18.4
#> EmmacBurdMist 13.2 18.6 18.7 18.8
#> EmmacBurnBara 13.9 19.3 19.3 19.4
#> EmmacClarJack 8.5 13.9 13.9 14.0
#> EmmacClarYate 8.4 13.8 13.9 14.0
#> EmmacCoopAvin 12.5 17.9 17.9 18.0
#> EmmacCoopCully 13.5 18.9 18.9 19.0
#> EmmacCoopEulb 13.1 18.5 18.5 18.6
#> EmmacFitzAllig 13.0 18.4 18.5 18.6
#> EmmacJohnWari 13.3 18.8 18.8 18.9
#> EmmacMaclGeor 14.0 19.4 19.5 19.6
#> EmmacMaryBoru 9.3 14.8 14.8 14.9
#> EmmacMaryPetr NA 12.9 13.0 13.1
#> EmmacMDBBowm 12.9 NA 18.4 18.5
#> EmmacMDBCond 13.0 18.4 NA 18.5
#> EmmacMDBCudg 13.1 18.5 18.5 NA
#> EmmacMDBForb 13.8 19.3 19.3 19.4
#> EmmacMDBGwyd 12.3 17.7 17.7 17.8
#> EmmacMDBMaci 12.9 18.3 18.3 18.4
#> EmmacMDBMurrMung 13.1 18.6 18.6 18.7
#> EmmacMDBSanf 13.0 18.4 18.5 18.6
#> EmmacNormJack 9.3 14.8 14.8 14.9
#> EmmacNormLeic 4.8 10.2 10.2 10.3
#> EmmacNormSalt 4.8 10.2 10.2 10.3
#> EmmacRichCasi 12.8 18.2 18.3 18.4
#> EmmacRoss 13.1 18.5 18.5 18.6
#> EmmacRussEube 12.5 17.9 18.0 18.1
#> EmmacTweeUki 12.9 18.3 18.3 18.4
#> EmsubRopeMata 8.4 13.9 13.9 14.0
#> EmvicVictJasp 8.5 13.9 14.0 14.1
#> EmmacMDBForb EmmacMDBGwyd EmmacMDBMaci EmmacMDBMurrMung
#> EmmacBrisWive 19.2 17.6 18.2 18.5
#> EmmacBurdMist 19.5 17.9 18.5 18.8
#> EmmacBurnBara 20.2 18.6 19.2 19.5
#> EmmacClarJack 14.8 13.2 13.8 14.1
#> EmmacClarYate 14.7 13.2 13.8 14.0
#> EmmacCoopAvin 18.8 17.2 17.8 18.1
#> EmmacCoopCully 19.8 18.2 18.8 19.1
#> EmmacCoopEulb 19.4 17.8 18.4 18.7
#> EmmacFitzAllig 19.3 17.8 18.4 18.6
#> EmmacJohnWari 19.6 18.1 18.7 18.9
#> EmmacMaclGeor 20.3 18.8 19.3 19.6
#> EmmacMaryBoru 15.6 14.1 14.7 14.9
#> EmmacMaryPetr 13.8 12.3 12.9 13.1
#> EmmacMDBBowm 19.3 17.7 18.3 18.6
#> EmmacMDBCond 19.3 17.7 18.3 18.6
#> EmmacMDBCudg 19.4 17.8 18.4 18.7
#> EmmacMDBForb NA 18.6 19.2 19.4
#> EmmacMDBGwyd 18.6 NA 17.6 17.9
#> EmmacMDBMaci 19.2 17.6 NA 18.5
#> EmmacMDBMurrMung 19.4 17.9 18.5 NA
#> EmmacMDBSanf 19.3 17.8 18.3 18.6
#> EmmacNormJack 15.7 14.1 14.7 15.0
#> EmmacNormLeic 11.1 9.5 10.1 10.4
#> EmmacNormSalt 11.1 9.5 10.1 10.4
#> EmmacRichCasi 19.1 17.6 18.1 18.4
#> EmmacRoss 19.4 17.8 18.4 18.7
#> EmmacRussEube 18.8 17.3 17.8 18.1
#> EmmacTweeUki 19.2 17.6 18.2 18.5
#> EmsubRopeMata 14.7 13.2 13.8 14.0
#> EmvicVictJasp 14.8 13.3 13.8 14.1
#> EmmacMDBSanf EmmacNormJack EmmacNormLeic EmmacNormSalt
#> EmmacBrisWive 18.3 14.7 10.1 10.1
#> EmmacBurdMist 18.7 15.0 10.4 10.4
#> EmmacBurnBara 19.3 15.7 11.1 11.1
#> EmmacClarJack 13.9 10.3 5.7 5.7
#> EmmacClarYate 13.9 10.2 5.7 5.7
#> EmmacCoopAvin 17.9 14.3 9.7 9.7
#> EmmacCoopCully 18.9 15.3 10.7 10.7
#> EmmacCoopEulb 18.6 14.9 10.3 10.3
#> EmmacFitzAllig 18.5 14.8 10.3 10.3
#> EmmacJohnWari 18.8 15.2 10.6 10.6
#> EmmacMaclGeor 19.5 15.8 11.2 11.2
#> EmmacMaryBoru 14.8 11.2 6.6 6.6
#> EmmacMaryPetr 13.0 9.3 4.8 4.8
#> EmmacMDBBowm 18.4 14.8 10.2 10.2
#> EmmacMDBCond 18.5 14.8 10.2 10.2
#> EmmacMDBCudg 18.6 14.9 10.3 10.3
#> EmmacMDBForb 19.3 15.7 11.1 11.1
#> EmmacMDBGwyd 17.8 14.1 9.5 9.5
#> EmmacMDBMaci 18.3 14.7 10.1 10.1
#> EmmacMDBMurrMung 18.6 15.0 10.4 10.4
#> EmmacMDBSanf NA 14.8 10.2 10.2
#> EmmacNormJack 14.8 NA 6.6 6.6
#> EmmacNormLeic 10.2 6.6 NA 2.0
#> EmmacNormSalt 10.2 6.6 2.0 NA
#> EmmacRichCasi 18.3 14.6 10.0 10.0
#> EmmacRoss 18.6 14.9 10.3 10.3
#> EmmacRussEube 18.0 14.3 9.7 9.7
#> EmmacTweeUki 18.3 14.7 10.1 10.1
#> EmsubRopeMata 13.9 10.3 5.7 5.7
#> EmvicVictJasp 14.0 10.3 5.7 5.7
#> EmmacRichCasi EmmacRoss EmmacRussEube EmmacTweeUki
#> EmmacBrisWive 18.1 18.4 17.8 18.2
#> EmmacBurdMist 18.5 18.8 18.2 18.5
#> EmmacBurnBara 19.1 19.4 18.9 19.2
#> EmmacClarJack 13.7 14.0 13.5 13.8
#> EmmacClarYate 13.7 14.0 13.4 13.8
#> EmmacCoopAvin 17.7 18.0 17.5 17.8
#> EmmacCoopCully 18.7 19.0 18.4 18.8
#> EmmacCoopEulb 18.4 18.7 18.1 18.4
#> EmmacFitzAllig 18.3 18.6 18.0 18.4
#> EmmacJohnWari 18.6 18.9 18.3 18.7
#> EmmacMaclGeor 19.3 19.6 19.0 19.3
#> EmmacMaryBoru 14.6 14.9 14.3 14.7
#> EmmacMaryPetr 12.8 13.1 12.5 12.9
#> EmmacMDBBowm 18.2 18.5 17.9 18.3
#> EmmacMDBCond 18.3 18.5 18.0 18.3
#> EmmacMDBCudg 18.4 18.6 18.1 18.4
#> EmmacMDBForb 19.1 19.4 18.8 19.2
#> EmmacMDBGwyd 17.6 17.8 17.3 17.6
#> EmmacMDBMaci 18.1 18.4 17.8 18.2
#> EmmacMDBMurrMung 18.4 18.7 18.1 18.5
#> EmmacMDBSanf 18.3 18.6 18.0 18.3
#> EmmacNormJack 14.6 14.9 14.3 14.7
#> EmmacNormLeic 10.0 10.3 9.7 10.1
#> EmmacNormSalt 10.0 10.3 9.7 10.1
#> EmmacRichCasi NA 18.4 17.8 18.1
#> EmmacRoss 18.4 NA 18.1 18.4
#> EmmacRussEube 17.8 18.1 NA 17.8
#> EmmacTweeUki 18.1 18.4 17.8 NA
#> EmsubRopeMata 13.7 14.0 13.4 13.8
#> EmvicVictJasp 13.8 14.1 13.5 13.8
#> EmsubRopeMata EmvicVictJasp
#> EmmacBrisWive 13.8 13.8
#> EmmacBurdMist 14.1 14.2
#> EmmacBurnBara 14.8 14.8
#> EmmacClarJack 9.4 9.4
#> EmmacClarYate 9.3 9.4
#> EmmacCoopAvin 13.4 13.4
#> EmmacCoopCully 14.4 14.4
#> EmmacCoopEulb 14.0 14.1
#> EmmacFitzAllig 13.9 14.0
#> EmmacJohnWari 14.2 14.3
#> EmmacMaclGeor 14.9 15.0
#> EmmacMaryBoru 10.2 10.3
#> EmmacMaryPetr 8.4 8.5
#> EmmacMDBBowm 13.9 13.9
#> EmmacMDBCond 13.9 14.0
#> EmmacMDBCudg 14.0 14.1
#> EmmacMDBForb 14.7 14.8
#> EmmacMDBGwyd 13.2 13.3
#> EmmacMDBMaci 13.8 13.8
#> EmmacMDBMurrMung 14.0 14.1
#> EmmacMDBSanf 13.9 14.0
#> EmmacNormJack 10.3 10.3
#> EmmacNormLeic 5.7 5.7
#> EmmacNormSalt 5.7 5.7
#> EmmacRichCasi 13.7 13.8
#> EmmacRoss 14.0 14.1
#> EmmacRussEube 13.4 13.5
#> EmmacTweeUki 13.8 13.8
#> EmsubRopeMata NA 9.4
#> EmvicVictJasp 9.4 NA
#>
#> $nloc
#> EmmacBrisWive EmmacBurdMist EmmacBurnBara EmmacClarJack
#> EmmacBrisWive NA 236 243 231
#> EmmacBurdMist 236 NA 236 226
#> EmmacBurnBara 243 236 NA 230
#> EmmacClarJack 231 226 230 NA
#> EmmacClarYate 237 230 237 231
#> EmmacCoopAvin 221 216 221 213
#> EmmacCoopCully 237 233 236 227
#> EmmacCoopEulb 236 231 235 228
#> EmmacFitzAllig 244 237 244 229
#> EmmacJohnWari 236 237 236 226
#> EmmacMaclGeor 238 231 237 231
#> EmmacMaryBoru 240 233 242 227
#> EmmacMaryPetr 240 232 240 228
#> EmmacMDBBowm 242 235 241 230
#> EmmacMDBCond 241 234 241 230
#> EmmacMDBCudg 239 234 240 230
#> EmmacMDBForb 242 235 240 230
#> EmmacMDBGwyd 240 233 239 230
#> EmmacMDBMaci 241 234 241 231
#> EmmacMDBMurrMung 240 232 238 230
#> EmmacMDBSanf 241 234 240 230
#> EmmacNormJack 236 236 237 226
#> EmmacNormLeic 223 225 225 217
#> EmmacNormSalt 219 220 221 214
#> EmmacRichCasi 244 234 243 232
#> EmmacRoss 236 238 236 226
#> EmmacRussEube 245 238 243 230
#> EmmacTweeUki 244 234 241 231
#> EmsubRopeMata 221 214 219 208
#> EmvicVictJasp 219 213 217 207
#> EmmacClarYate EmmacCoopAvin EmmacCoopCully EmmacCoopEulb
#> EmmacBrisWive 237 221 237 236
#> EmmacBurdMist 230 216 233 231
#> EmmacBurnBara 237 221 236 235
#> EmmacClarJack 231 213 227 228
#> EmmacClarYate NA 217 232 230
#> EmmacCoopAvin 217 NA 221 220
#> EmmacCoopCully 232 221 NA 237
#> EmmacCoopEulb 230 220 237 NA
#> EmmacFitzAllig 236 220 236 234
#> EmmacJohnWari 231 216 234 232
#> EmmacMaclGeor 237 215 231 229
#> EmmacMaryBoru 234 219 233 232
#> EmmacMaryPetr 234 218 233 232
#> EmmacMDBBowm 236 220 235 233
#> EmmacMDBCond 235 220 234 233
#> EmmacMDBCudg 235 220 234 233
#> EmmacMDBForb 235 219 235 233
#> EmmacMDBGwyd 236 220 234 232
#> EmmacMDBMaci 236 221 236 234
#> EmmacMDBMurrMung 236 219 233 231
#> EmmacMDBSanf 235 220 235 233
#> EmmacNormJack 233 217 235 232
#> EmmacNormLeic 222 206 222 220
#> EmmacNormSalt 217 204 219 218
#> EmmacRichCasi 239 221 236 234
#> EmmacRoss 230 216 233 231
#> EmmacRussEube 237 222 238 235
#> EmmacTweeUki 237 218 234 232
#> EmsubRopeMata 215 199 214 211
#> EmvicVictJasp 212 197 213 211
#> EmmacFitzAllig EmmacJohnWari EmmacMaclGeor EmmacMaryBoru
#> EmmacBrisWive 244 236 238 240
#> EmmacBurdMist 237 237 231 233
#> EmmacBurnBara 244 236 237 242
#> EmmacClarJack 229 226 231 227
#> EmmacClarYate 236 231 237 234
#> EmmacCoopAvin 220 216 215 219
#> EmmacCoopCully 236 234 231 233
#> EmmacCoopEulb 234 232 229 232
#> EmmacFitzAllig NA 236 238 241
#> EmmacJohnWari 236 NA 231 233
#> EmmacMaclGeor 238 231 NA 234
#> EmmacMaryBoru 241 233 234 NA
#> EmmacMaryPetr 239 232 234 239
#> EmmacMDBBowm 242 235 237 239
#> EmmacMDBCond 241 234 236 238
#> EmmacMDBCudg 239 234 235 237
#> EmmacMDBForb 241 235 236 238
#> EmmacMDBGwyd 240 233 236 238
#> EmmacMDBMaci 241 234 237 239
#> EmmacMDBMurrMung 239 232 236 237
#> EmmacMDBSanf 241 234 236 238
#> EmmacNormJack 237 237 233 234
#> EmmacNormLeic 225 225 222 225
#> EmmacNormSalt 220 221 216 220
#> EmmacRichCasi 243 234 239 239
#> EmmacRoss 237 237 231 233
#> EmmacRussEube 244 238 238 240
#> EmmacTweeUki 242 234 239 239
#> EmsubRopeMata 220 214 216 218
#> EmvicVictJasp 218 213 213 214
#> EmmacMaryPetr EmmacMDBBowm EmmacMDBCond EmmacMDBCudg
#> EmmacBrisWive 240 242 241 239
#> EmmacBurdMist 232 235 234 234
#> EmmacBurnBara 240 241 241 240
#> EmmacClarJack 228 230 230 230
#> EmmacClarYate 234 236 235 235
#> EmmacCoopAvin 218 220 220 220
#> EmmacCoopCully 233 235 234 234
#> EmmacCoopEulb 232 233 233 233
#> EmmacFitzAllig 239 242 241 239
#> EmmacJohnWari 232 235 234 234
#> EmmacMaclGeor 234 237 236 235
#> EmmacMaryBoru 239 239 238 237
#> EmmacMaryPetr NA 238 237 236
#> EmmacMDBBowm 238 NA 243 242
#> EmmacMDBCond 237 243 NA 242
#> EmmacMDBCudg 236 242 242 NA
#> EmmacMDBForb 238 244 242 241
#> EmmacMDBGwyd 237 243 242 242
#> EmmacMDBMaci 238 244 243 242
#> EmmacMDBMurrMung 237 242 240 240
#> EmmacMDBSanf 237 244 244 242
#> EmmacNormJack 232 236 234 234
#> EmmacNormLeic 221 223 222 223
#> EmmacNormSalt 218 219 218 218
#> EmmacRichCasi 239 243 242 241
#> EmmacRoss 232 235 234 234
#> EmmacRussEube 238 242 242 240
#> EmmacTweeUki 238 241 240 239
#> EmsubRopeMata 214 218 218 216
#> EmvicVictJasp 213 215 216 213
#> EmmacMDBForb EmmacMDBGwyd EmmacMDBMaci EmmacMDBMurrMung
#> EmmacBrisWive 242 240 241 240
#> EmmacBurdMist 235 233 234 232
#> EmmacBurnBara 240 239 241 238
#> EmmacClarJack 230 230 231 230
#> EmmacClarYate 235 236 236 236
#> EmmacCoopAvin 219 220 221 219
#> EmmacCoopCully 235 234 236 233
#> EmmacCoopEulb 233 232 234 231
#> EmmacFitzAllig 241 240 241 239
#> EmmacJohnWari 235 233 234 232
#> EmmacMaclGeor 236 236 237 236
#> EmmacMaryBoru 238 238 239 237
#> EmmacMaryPetr 238 237 238 237
#> EmmacMDBBowm 244 243 244 242
#> EmmacMDBCond 242 242 243 240
#> EmmacMDBCudg 241 242 242 240
#> EmmacMDBForb NA 242 243 241
#> EmmacMDBGwyd 242 NA 243 242
#> EmmacMDBMaci 243 243 NA 241
#> EmmacMDBMurrMung 241 242 241 NA
#> EmmacMDBSanf 243 243 245 241
#> EmmacNormJack 235 234 236 233
#> EmmacNormLeic 222 223 223 222
#> EmmacNormSalt 218 218 219 217
#> EmmacRichCasi 242 241 242 241
#> EmmacRoss 235 233 234 232
#> EmmacRussEube 241 241 243 239
#> EmmacTweeUki 241 240 240 240
#> EmsubRopeMata 217 217 219 215
#> EmvicVictJasp 215 214 216 212
#> EmmacMDBSanf EmmacNormJack EmmacNormLeic EmmacNormSalt
#> EmmacBrisWive 241 236 223 219
#> EmmacBurdMist 234 236 225 220
#> EmmacBurnBara 240 237 225 221
#> EmmacClarJack 230 226 217 214
#> EmmacClarYate 235 233 222 217
#> EmmacCoopAvin 220 217 206 204
#> EmmacCoopCully 235 235 222 219
#> EmmacCoopEulb 233 232 220 218
#> EmmacFitzAllig 241 237 225 220
#> EmmacJohnWari 234 237 225 221
#> EmmacMaclGeor 236 233 222 216
#> EmmacMaryBoru 238 234 225 220
#> EmmacMaryPetr 237 232 221 218
#> EmmacMDBBowm 244 236 223 219
#> EmmacMDBCond 244 234 222 218
#> EmmacMDBCudg 242 234 223 218
#> EmmacMDBForb 243 235 222 218
#> EmmacMDBGwyd 243 234 223 218
#> EmmacMDBMaci 245 236 223 219
#> EmmacMDBMurrMung 241 233 222 217
#> EmmacMDBSanf NA 235 222 218
#> EmmacNormJack 235 NA 226 222
#> EmmacNormLeic 222 226 NA 218
#> EmmacNormSalt 218 222 218 NA
#> EmmacRichCasi 242 235 222 218
#> EmmacRoss 234 236 225 220
#> EmmacRussEube 243 239 226 222
#> EmmacTweeUki 240 234 223 218
#> EmsubRopeMata 219 215 204 200
#> EmvicVictJasp 217 213 202 199
#> EmmacRichCasi EmmacRoss EmmacRussEube EmmacTweeUki
#> EmmacBrisWive 244 236 245 244
#> EmmacBurdMist 234 238 238 234
#> EmmacBurnBara 243 236 243 241
#> EmmacClarJack 232 226 230 231
#> EmmacClarYate 239 230 237 237
#> EmmacCoopAvin 221 216 222 218
#> EmmacCoopCully 236 233 238 234
#> EmmacCoopEulb 234 231 235 232
#> EmmacFitzAllig 243 237 244 242
#> EmmacJohnWari 234 237 238 234
#> EmmacMaclGeor 239 231 238 239
#> EmmacMaryBoru 239 233 240 239
#> EmmacMaryPetr 239 232 238 238
#> EmmacMDBBowm 243 235 242 241
#> EmmacMDBCond 242 234 242 240
#> EmmacMDBCudg 241 234 240 239
#> EmmacMDBForb 242 235 241 241
#> EmmacMDBGwyd 241 233 241 240
#> EmmacMDBMaci 242 234 243 240
#> EmmacMDBMurrMung 241 232 239 240
#> EmmacMDBSanf 242 234 243 240
#> EmmacNormJack 235 236 239 234
#> EmmacNormLeic 222 225 226 223
#> EmmacNormSalt 218 220 222 218
#> EmmacRichCasi NA 234 243 243
#> EmmacRoss 234 NA 238 234
#> EmmacRussEube 243 238 NA 242
#> EmmacTweeUki 243 234 242 NA
#> EmsubRopeMata 220 214 227 220
#> EmvicVictJasp 217 213 224 217
#> EmsubRopeMata EmvicVictJasp
#> EmmacBrisWive 221 219
#> EmmacBurdMist 214 213
#> EmmacBurnBara 219 217
#> EmmacClarJack 208 207
#> EmmacClarYate 215 212
#> EmmacCoopAvin 199 197
#> EmmacCoopCully 214 213
#> EmmacCoopEulb 211 211
#> EmmacFitzAllig 220 218
#> EmmacJohnWari 214 213
#> EmmacMaclGeor 216 213
#> EmmacMaryBoru 218 214
#> EmmacMaryPetr 214 213
#> EmmacMDBBowm 218 215
#> EmmacMDBCond 218 216
#> EmmacMDBCudg 216 213
#> EmmacMDBForb 217 215
#> EmmacMDBGwyd 217 214
#> EmmacMDBMaci 219 216
#> EmmacMDBMurrMung 215 212
#> EmmacMDBSanf 219 217
#> EmmacNormJack 215 213
#> EmmacNormLeic 204 202
#> EmmacNormSalt 200 199
#> EmmacRichCasi 220 217
#> EmmacRoss 214 213
#> EmmacRussEube 227 224
#> EmmacTweeUki 220 217
#> EmsubRopeMata NA 217
#> EmvicVictJasp 217 NA
#>
#> $expfpos
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]
#> [1,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [2,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [3,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [4,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [5,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [6,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [7,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [8,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [9,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [10,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [11,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [12,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [13,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [14,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [15,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [16,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [17,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [18,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [19,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [20,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [21,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [22,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [23,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [24,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [25,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [26,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [27,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [28,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [29,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [30,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [,14] [,15] [,16] [,17] [,18] [,19] [,20] [,21] [,22] [,23] [,24] [,25]
#> [1,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [2,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [3,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [4,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [5,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [6,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [7,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [8,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [9,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [10,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [11,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [12,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [13,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [14,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [15,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [16,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [17,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [18,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [19,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [20,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [21,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [22,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [23,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [24,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [25,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [26,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [27,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [28,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [29,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [30,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [,26] [,27] [,28] [,29] [,30]
#> [1,] NA NA NA NA NA
#> [2,] NA NA NA NA NA
#> [3,] NA NA NA NA NA
#> [4,] NA NA NA NA NA
#> [5,] NA NA NA NA NA
#> [6,] NA NA NA NA NA
#> [7,] NA NA NA NA NA
#> [8,] NA NA NA NA NA
#> [9,] NA NA NA NA NA
#> [10,] NA NA NA NA NA
#> [11,] NA NA NA NA NA
#> [12,] NA NA NA NA NA
#> [13,] NA NA NA NA NA
#> [14,] NA NA NA NA NA
#> [15,] NA NA NA NA NA
#> [16,] NA NA NA NA NA
#> [17,] NA NA NA NA NA
#> [18,] NA NA NA NA NA
#> [19,] NA NA NA NA NA
#> [20,] NA NA NA NA NA
#> [21,] NA NA NA NA NA
#> [22,] NA NA NA NA NA
#> [23,] NA NA NA NA NA
#> [24,] NA NA NA NA NA
#> [25,] NA NA NA NA NA
#> [26,] NA NA NA NA NA
#> [27,] NA NA NA NA NA
#> [28,] NA NA NA NA NA
#> [29,] NA NA NA NA NA
#> [30,] NA NA NA NA NA
#>
#> $sdfpos
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]
#> [1,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [2,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [3,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [4,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [5,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [6,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [7,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [8,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [9,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [10,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [11,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [12,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [13,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [14,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [15,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [16,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [17,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [18,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [19,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [20,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [21,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [22,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [23,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [24,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [25,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [26,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [27,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [28,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [29,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [30,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [,14] [,15] [,16] [,17] [,18] [,19] [,20] [,21] [,22] [,23] [,24] [,25]
#> [1,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [2,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [3,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [4,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [5,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [6,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [7,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [8,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [9,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [10,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [11,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [12,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [13,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [14,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [15,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [16,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [17,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [18,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [19,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [20,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [21,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [22,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [23,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [24,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [25,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [26,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [27,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [28,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [29,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [30,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [,26] [,27] [,28] [,29] [,30]
#> [1,] NA NA NA NA NA
#> [2,] NA NA NA NA NA
#> [3,] NA NA NA NA NA
#> [4,] NA NA NA NA NA
#> [5,] NA NA NA NA NA
#> [6,] NA NA NA NA NA
#> [7,] NA NA NA NA NA
#> [8,] NA NA NA NA NA
#> [9,] NA NA NA NA NA
#> [10,] NA NA NA NA NA
#> [11,] NA NA NA NA NA
#> [12,] NA NA NA NA NA
#> [13,] NA NA NA NA NA
#> [14,] NA NA NA NA NA
#> [15,] NA NA NA NA NA
#> [16,] NA NA NA NA NA
#> [17,] NA NA NA NA NA
#> [18,] NA NA NA NA NA
#> [19,] NA NA NA NA NA
#> [20,] NA NA NA NA NA
#> [21,] NA NA NA NA NA
#> [22,] NA NA NA NA NA
#> [23,] NA NA NA NA NA
#> [24,] NA NA NA NA NA
#> [25,] NA NA NA NA NA
#> [26,] NA NA NA NA NA
#> [27,] NA NA NA NA NA
#> [28,] NA NA NA NA NA
#> [29,] NA NA NA NA NA
#> [30,] NA NA NA NA NA
#>
#> $pval
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]
#> [1,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [2,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [3,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [4,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [5,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [6,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [7,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [8,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [9,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [10,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [11,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [12,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [13,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [14,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [15,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [16,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [17,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [18,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [19,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [20,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [21,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [22,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [23,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [24,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [25,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [26,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [27,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [28,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [29,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [30,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [,14] [,15] [,16] [,17] [,18] [,19] [,20] [,21] [,22] [,23] [,24] [,25]
#> [1,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [2,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [3,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [4,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [5,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [6,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [7,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [8,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [9,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [10,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [11,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [12,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [13,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [14,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [15,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [16,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [17,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [18,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [19,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [20,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [21,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [22,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [23,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [24,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [25,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [26,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [27,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [28,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [29,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [30,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [,26] [,27] [,28] [,29] [,30]
#> [1,] NA NA NA NA NA
#> [2,] NA NA NA NA NA
#> [3,] NA NA NA NA NA
#> [4,] NA NA NA NA NA
#> [5,] NA NA NA NA NA
#> [6,] NA NA NA NA NA
#> [7,] NA NA NA NA NA
#> [8,] NA NA NA NA NA
#> [9,] NA NA NA NA NA
#> [10,] NA NA NA NA NA
#> [11,] NA NA NA NA NA
#> [12,] NA NA NA NA NA
#> [13,] NA NA NA NA NA
#> [14,] NA NA NA NA NA
#> [15,] NA NA NA NA NA
#> [16,] NA NA NA NA NA
#> [17,] NA NA NA NA NA
#> [18,] NA NA NA NA NA
#> [19,] NA NA NA NA NA
#> [20,] NA NA NA NA NA
#> [21,] NA NA NA NA NA
#> [22,] NA NA NA NA NA
#> [23,] NA NA NA NA NA
#> [24,] NA NA NA NA NA
#> [25,] NA NA NA NA NA
#> [26,] NA NA NA NA NA
#> [27,] NA NA NA NA NA
#> [28,] NA NA NA NA NA
#> [29,] NA NA NA NA NA
#> [30,] NA NA NA NA NA
#>
#> attr(,"class")
#> [1] "fd"
fd2 <- gl.collapse(fd,tpop=1)
#> Starting gl.collapse
#> Processing a fixed difference (fd) object with SNP data
#> Comparing populations for absolute fixed differences
#> Amalgamating populations with corrobrated fixed
#> differences, tpop = 1
#> Completed: gl.collapse
#>
fd2
#> $gl
#> /// GENLIGHT OBJECT /////////
#>
#> // 250 genotypes, 255 binary SNPs, size: 754.4 Kb
#> 7868 (12.34 %) missing data
#>
#> // Basic content
#> @gen: list of 250 SNPbin
#> @ploidy: ploidy of each individual (range: 2-2)
#>
#> // Optional content
#> @ind.names: 250 individual labels
#> @loc.names: 255 locus labels
#> @loc.all: 255 alleles
#> @position: integer storing positions of the SNPs
#> @pop: population of each individual (group size range: 5-210)
#> @other: a list containing: loc.metrics latlong ind.metrics history loc.metrics.flags
#>
#>
#> $fd
#> EmmacBrisWive+ EmmacCoopAvin+ EmsubRopeMata
#> EmmacCoopAvin+ 1
#> EmsubRopeMata 5 12
#> EmvicVictJasp 5 19 13
#>
#> $pcfd
#> EmmacBrisWive+ EmmacCoopAvin+ EmsubRopeMata
#> EmmacCoopAvin+ 0
#> EmsubRopeMata 2 6
#> EmvicVictJasp 2 9 6
#>
#> $nobs
#> EmmacBrisWive+ EmmacCoopAvin+ EmsubRopeMata EmvicVictJasp
#> EmmacBrisWive+ NA 211.9 190.0 190.0
#> EmmacCoopAvin+ 211.9 NA 31.3 31.4
#> EmsubRopeMata 190.0 31.3 NA 9.4
#> EmvicVictJasp 190.0 31.4 9.4 NA
#>
#> $nloc
#> EmmacBrisWive+ EmmacCoopAvin+ EmsubRopeMata EmvicVictJasp
#> EmmacBrisWive+ NA 244 228 225
#> EmmacCoopAvin+ 244 NA 217 214
#> EmsubRopeMata 228 217 NA 217
#> EmvicVictJasp 225 214 217 NA
#>
#> $expfpos
#> [,1] [,2] [,3] [,4]
#> [1,] NA NA NA NA
#> [2,] NA NA NA NA
#> [3,] NA NA NA NA
#> [4,] NA NA NA NA
#>
#> $sdfpos
#> [,1] [,2] [,3] [,4]
#> [1,] NA NA NA NA
#> [2,] NA NA NA NA
#> [3,] NA NA NA NA
#> [4,] NA NA NA NA
#>
#> $pval
#> [,1] [,2] [,3] [,4]
#> [1,] NA NA NA NA
#> [2,] NA NA NA NA
#> [3,] NA NA NA NA
#> [4,] NA NA NA NA
#>
#> attr(,"class")
#> [1] "fd"
fd3 <- gl.collapse(fd2,tpop=1)
#> Starting gl.collapse
#> Processing a fixed difference (fd) object with SNP data
#> Comparing populations for absolute fixed differences
#> Amalgamating populations with corrobrated fixed
#> differences, tpop = 1
#> Completed: gl.collapse
#>
fd3
#> $gl
#> /// GENLIGHT OBJECT /////////
#>
#> // 250 genotypes, 255 binary SNPs, size: 757.4 Kb
#> 7868 (12.34 %) missing data
#>
#> // Basic content
#> @gen: list of 250 SNPbin
#> @ploidy: ploidy of each individual (range: 2-2)
#>
#> // Optional content
#> @ind.names: 250 individual labels
#> @loc.names: 255 locus labels
#> @loc.all: 255 alleles
#> @position: integer storing positions of the SNPs
#> @pop: population of each individual (group size range: 5-240)
#> @other: a list containing: loc.metrics latlong ind.metrics history loc.metrics.flags
#>
#>
#> $fd
#> EmmacBrisWive++ EmsubRopeMata
#> EmsubRopeMata 5
#> EmvicVictJasp 5 13
#>
#> $pcfd
#> EmmacBrisWive++ EmsubRopeMata
#> EmsubRopeMata 2
#> EmvicVictJasp 2 6
#>
#> $nobs
#> EmmacBrisWive++ EmsubRopeMata EmvicVictJasp
#> EmmacBrisWive++ NA 215.5 215.5
#> EmsubRopeMata 215.5 NA 9.4
#> EmvicVictJasp 215.5 9.4 NA
#>
#> $nloc
#> EmmacBrisWive++ EmsubRopeMata EmvicVictJasp
#> EmmacBrisWive++ NA 228 225
#> EmsubRopeMata 228 NA 217
#> EmvicVictJasp 225 217 NA
#>
#> $expfpos
#> [,1] [,2] [,3]
#> [1,] NA NA NA
#> [2,] NA NA NA
#> [3,] NA NA NA
#>
#> $sdfpos
#> [,1] [,2] [,3]
#> [1,] NA NA NA
#> [2,] NA NA NA
#> [3,] NA NA NA
#>
#> $pval
#> [,1] [,2] [,3]
#> [1,] NA NA NA
#> [2,] NA NA NA
#> [3,] NA NA NA
#>
#> attr(,"class")
#> [1] "fd"
# }
fd <- gl.fixed.diff(testset.gl,tloc=0.05)
#> Starting gl.fixed.diff
#> Processing genlight object with SNP data
#> Comparing populations for fixed differences with tolerance 0.05
#> Warning: Monomorphic loci retained, used in calculations
#> Comparing populations pairwise -- this may take time. Please be patient
#> Completed: gl.fixed.diff
#>
fd2 <- gl.collapse(fd)
#> Starting gl.collapse
#> Processing a fixed difference (fd) object with SNP data
#> Comparing populations for absolute fixed differences
#> Amalgamating populations with zero fixed differences
#> Completed: gl.collapse
#>